原因都和CellPhoneDB内置的gene-gene互作关系列表有关。CellPhoneDB区分不了受体还是配体,对于gene1-gene2,可以是gene1配体gene2受体,也可以是gene1受体gene2配体(如下图)。我个人觉得也是由于这个原因,右边那个热图为了说起来方便,才把不管做受体还是做配体的关系都算作是两种细胞的互作关系,因此A-B和B-A在热图中...
CellPhoneDB配有详实的受配体数据库,其整合了此前的公共数据库,还会手动矫正,以得到更加准确的受配体注释。此外,针对受配体有多个亚基的情况,也进行了注释。下面这张图显示了CellPhoneDB配有的数据库包含多少种分泌蛋白和膜蛋白、蛋白质复合物、受配体关系,以及它们来源于什么数据库。 1. CellPhoneDB推断细胞通讯的原...
细胞通讯分析可以给我们一些细胞类群之间相互调控/交流的信息,这种细胞之间的调控主要是通过受配体结合,传递信号来实现的。不同的分化、疾病过程,可能存在特异的细胞通讯关系,因此阐明这些通讯关系至关重要。 CellPhoneDB配有详实的受配体数据库,其整合了此前的公共数据库,还会手动矫正,以得到更加准确的受配体注释。此外,...
参数解释:neg_log10_th和means_exp_log2_th两个参数用来筛选显著的互作关系;neg_log10_th2和means_exp_log2_th2两个参数用来限定最终气泡图的数值范围;notused.cell不包含的细胞类型;used.cell必须包含的细胞类型;cell.pair必须包含的细胞pair,以及它们的顺序;gene.pair必须包含的基因pair,以及它们的顺序。 后面...
细胞通讯分析可以给我们一些细胞类群之间相互调控/交流的信息,这种细胞之间的调控主要是通过受配体结合,传递信号来实现的。不同的分化、疾病过程,可能存在特异的细胞通讯关系,因此阐明这些通讯关系至关重要。 CellPhoneDB配有详实的受配体数据库,其整合了此前的公共数据库,还会手动矫正,以得到更加准确的受配体注释。此外...
在上一篇帖子中,我介绍了CellPhoneDB的原理、实际操作,以及一些值得注意的地方。这一篇继续细胞通讯分析的可视化。 公众号后台回复20210723获取本次演示的测试数据,以及主要的可视化代码。 所有的数据和结果文件均已打包,下载后直接就能跑下面的代码画图。 下面的代码可以绘制对称热图 ...