细胞通讯是指一个信号产生细胞发出的信息通过介质(即配体)传递到另一个靶细胞并与其相应的受体相互作用,然后通过细胞信号转导产生靶细胞内一系列生理生化变化,最终表现为靶细胞整体的生物学效应的过程。 从基因表达解读细胞之间的相互作用和交流 在生物体中,不同细胞类型和组织中的细胞之间相互作用(CCI)可以协调生物的...
cellphoneDB可以说是最早出现的一批细胞通讯软件了,也是第一个系统整理出配受体数据库的软件,对单细胞转录组的细胞通讯分析起到了很好的推进作用。作为最经典的细胞通讯软件,cellphoneDB的分析策略也是相对比较简单的,一是通过配体细胞亚群和受体亚群的配受体基因的平均表达量来直观体现一堆细胞存在互作的可能性,也即是对...
CellChat基于单细胞基因表达量矩阵,通过整合基因表达与信号配体、受体及其辅助因子之间互作的先验知识来建立细胞-细胞交流概率,进而对细胞间通讯网络做出预测,且还能进一步进行数据探索并输出丰富多样的可视化图表,直接用于文献发表。 (Nat Commun,2021) 结合官方教程说明,今天我们一起来浅学习一下CellChat单数据集/样本细胞...
本节向大家介绍了单细胞通讯分析的实战内容。以cellchat为例,这余算法大家可以在笔记中自行学习~, 视频播放量 666、弹幕量 0、点赞数 17、投硬币枚数 12、收藏人数 50、转发人数 2, 视频作者 Doctor小凯, 作者简介 一个朴实无华的医学生,记录学习与生活日常提供多组学生
1、CellChat:这是一个常用的 R 包,可以识别和量化不同细胞类型之间的通讯,并提供丰富的可视化工具。 2、CellPhoneDB:另一个广泛使用的工具,专注于基于配体-受体相互作用的细胞通讯分析。 本次主要来学习一下cellchat这个工具。 https://qrco.de/bbUjCF (二维码自动识别) ...
为了探索IMF(大理石花纹)的其他细胞来源,首先对脂肪生成相关基因的不同细胞中的表达分布进行分化,结果发现内皮细胞、卫星细胞和周细胞都高表达脂肪相关的基因,说明它们可能在IMF形成中起作用。然后对这些细胞与脂肪细胞进行细胞通讯分析,结果发现脂肪细胞主要与内皮细胞、周细胞、成纤维细胞等相互作用,因此,作者推断这些细...
总之,CellChat R包是一个通用的、易于使用的工具包,用于从任何给定的scRNA-seq数据推断、分析和可视化细胞-细胞通信,主要包括刻画细胞类型间的配体-受体互作蓝图以及从四个水平来分析:细胞类型水平来识别主要的senders或者receivers、通络水平识别贡献于细胞通讯最大的信号通路、分子水平识别贡献最大或者差异的配体-受体互作...
三、功能分析以及结果解读-3.4 细胞通讯分析, 视频播放量 787、弹幕量 0、点赞数 3、投硬币枚数 0、收藏人数 7、转发人数 2, 视频作者 烈冰生物, 作者简介 Decoding life,Caring life,相关视频:三、功能分析以及结果解读-3.1 差异基因分析,三、功能分析以及结果解读-3.2
1.信号通路水平的细胞通讯分析 #信号通路查看: cellchat@netP$pathways #以'GALECTIN'信号通路展示为例: pathways.show <- c('GALECTIN') 1)层级图(Hierarchy plot)绘制 #查看细胞亚群及factor顺序: levels(cellchat@idents) #选择其中感兴趣的细胞亚群: ...
多细胞生物的生命活动,依赖于细胞活动的协调,而细胞活动依赖于不同细胞类型和组织之间的细胞-细胞相互作用(Cell-Cell interactions,CCIs),当细胞不能正确“沟通”——互作或解码分子信息时,疾病等异常变化便会随之而来。 CCIs会利用分子如激素、生长因子、趋化因子、细胞因子等配体介导细胞通讯(Cell-Cell Communication,...