运行slingshot的至少需要两个输入文件:即细胞在降维空间中的坐标矩阵和细胞聚类群的标签向量。 对于已经做好注释的数据,直接使用降维矩阵计算轨迹并把轨迹投射到降维图上即可。 library(slingshot) library(SingleCellExperiment) sim <- slingshot(pbmc.sce, clusterLabels = 'cell_type', reducedDim = 'UMAP') sim ...
slingshot 包可以对单细胞RNA-seq数据进行细胞分化谱系构建和伪时间推断。它利用细胞聚类簇和空间降维信息，以无监督或半监督的方式学习细胞聚类群之间的关系，揭示细胞聚类簇之间的全局结构，并将该结构转换为由一维变量表示的平滑谱系，称之为“伪时间”。参考： Seurat对象、SingleCellExperiment对象和scanp...
运行slingshot的至少需要两个输入文件:即细胞在降维空间中的坐标矩阵和细胞聚类群的标签向量。 对于已经做好注释的数据,直接使用降维矩阵计算轨迹并把轨迹投射到降维图上即可。 library(slingshot) library(SingleCellExperiment) sim <- slingshot(pbmc.sce, clusterLabels = 'cell_type', reducedDim = 'UMAP') sim ...