下图为某一条RNAseq从数据预处理,序列回帖到数据可视化的工作流程,包含了较多的软件(Linux环境运行)和若干个包(R语言环境运行),本系列将按下图,对每一个步骤进行学习和理解。 某RNAseq分析流程 问题: 1. 单端测序和双端测序是什么意思? 2. 双端测序的read1和read2有什么关系?在后续的拼接和比对时是如何参与的...
Long-read长读长:测序得到的超过1000 bp的reads,代表全长或近乎全长的mRNA。 Direct RNA sequencing(dRNA-seq):直接测序RNA而非cDNA的测序技术,通常用于测序全长或近全长的mRNA 。 Multi-mapped reads多重比对的reads:从转录组同源区域测序得到的reads,不能精确确认其转录本或基因组的来源。 Synthetic long reads...
为了用scRNA-seq标定mnSBS,作者用四种文库类型进行了实验,在Illumina测序仪和运行mnSBS的Ultima Genomics (Ultima) 原型机上进行平行测序。其中三种文库来源于健康人体的外周血单个核细胞(PBMCs),跨越3’ scRNA-seq (~7000个细胞,1个个体) 、5' scRNA-seq (~ 7000个细胞,1个个体) 和一个由8个供者细胞 (~24...
stringtie2.1及以后就不会报错了,但是之前的数据要重新要stringtie跑一下 awk -F "/" '{print $2}' gtf.list >sample.list ls -d SRR*|while read id;do find ./ -path '