然后,对于每个样本,将该样本中的所有基因的表达量按照从大到小的顺序排列,计算每个位置上所对应的基因集富集得分。最后,将这些位置上的得分进行平均或加权平均,得到该样本在该基因集上的ssGSEA得分,用于估计该样本中该免疫细胞类型的相对丰度。 数据要求: 在R中,我们可以使用ssgsea函数来进行单样本GSEA分析。该函数...
链接是:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33450198/有一个图表很适合布置给学徒作为作业。 研究者对荷兰癌症研究所(NKI)发表的乳腺癌基因表达数据进行分析,绘制出来了如下所示的单样本的gsea分析图表: 图例是:(H) Single-sample gene set enrichment analysis of CTSC correlation to neutrophil-related gene sets ...
ssGSEA(single sample GSEA)主要针对单样本无法做GSEA而提出的一种实现方法,原理上与GSEA是类似的。ssGSEA根据表达谱文件计算每个基因的rank值,再进行后续的统计分析。 课程购买链接1: 基于ssGSEA的免疫基因集文章套路视频(单样本GSEA/肿瘤微环境)-淘宝网item.taobao.com/item.htm?spm=a230r.1.14.1.7b32ae63P5...
首先导入文件,点击左上角的Load data 导入方式有三种,一般按照喜好自己选择,这里我使用方式1,点击Browse for files,选择之前制作好的gct文件和cls文件,导入成功如下图所示: 接着点击左上角的Run GSEA,在弹出的窗口中,首先选择表达数据集Expression dataset,可以看到只有我们导入的gct文件,所以选择它即可 然后选择基因...
在进行GSEA分析时，我们可以使用GSEA的软件工具进行操作。软件的下载地址为：gsea-msigdb.org/gsea/lo...，只需注册并登录邮箱即可使用。软件界面简洁直观，首先需要导入数据。数据包括表达量文件和分组文件。表达量文件应包含固定格式的第一行，第二行两列，第一列为基因数，第二列为样本数，后续为表达...
链接是:https://pubmed.ncbi.nlm./33450198/ 有一个图表很适合布置给学徒作为作业。 研究者对荷兰癌症研究所(NKI)发表的乳腺癌基因表达数据进行分析,绘制出来了如下所示的单样本的gsea分析图表: 单样本的gsea分析图表 图例是:(H) Single-sample gene set enrichment analysis of CTSC correlation to neutrophil-rel...
说起富集分析,大家肯定都很熟悉,尤其是像GO和KEGG这种分析,这是基于基因进行分析的,还有基于样本进行分析的,比如说GSEA富集分析,这种分析方法小云也是用过的,但当时小云为了图省事,都是在一些在线工具,但…
方法:临床样本取自青海大学附属医院,进行全外显子组测序(WES)。其他 GC 相关数据来自癌症基因组图谱 (TCGA) 数据库。进行交叉分析以确定候选基因。最终突变基因通过生存分析、单因素和多因素 Cox 回归分析确定。CIBERSORT和GSEA 分别用于免疫细胞浸润分析和功能富集。
链接是:pubmed.ncbi.nlm.nih.gov 有一个图表很适合布置给学徒作为作业。 研究者对荷兰癌症研究所(NKI)发表的乳腺癌基因表达数据进行分析,绘制出来了如下所示的单样本的gsea分析图表: 图例是:(H) Single-sample gene set enrichment analysis of CTSC correlation to neutrophil-related gene sets in the NKI datas...