然后,对于每个样本,将该样本中的所有基因的表达量按照从大到小的顺序排列,计算每个位置上所对应的基因集富集得分。最后,将这些位置上的得分进行平均或加权平均,得到该样本在该基因集上的ssGSEA得分,用于估计该样本中该免疫细胞类型的相对丰度。 数据要求: 在R中,我们可以使用ssgsea函数来进行单样本GSEA分析。该函数在
研究者对荷兰癌症研究所(NKI)发表的乳腺癌基因表达数据进行分析,绘制出来了如下所示的单样本的gsea分析图表: 图例是:(H) Single-sample gene set enrichment analysis of CTSC correlation to neutrophil-related gene sets in the NKI dataset (n = 295). Scale bar, 50 mm. p values were obtained by two-...
因为步骤1所得到的文件GSEA软件并不能识别,为了能让GSEA软件识别,需要在表格第一行增添2空白行 同样还需要在第二列增添一列空白列,完成行和列增添后的表格如图所示 接着按照如下格式在空白行、空白列中增添内容。这里解释一下12197代表的是表格的每行的基因个数(行基因数),30表示每列的样本个数(列样本数)。#...
在进行GSEA分析时，我们可以使用GSEA的软件工具进行操作。软件的下载地址为：gsea-msigdb.org/gsea/lo...，只需注册并登录邮箱即可使用。软件界面简洁直观，首先需要导入数据。数据包括表达量文件和分组文件。表达量文件应包含固定格式的第一行，第二行两列，第一列为基因数，第二列为样本数，后续为表达...
单样本的gsea分析图表 最近看到文章 Cancer Cell . 2020 Dec ,标题是《Cathepsin C promotes breast cancer lung metastasis by modulating neutrophil infiltration and neutrophil extracellular trap formation》 链接是:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33450198/有一个图表很适合布置给学徒作为作业。
单样本的gsea分析图表 图例是:(H) Single-sample gene set enrichment analysis of CTSC correlation to neutrophil-related gene sets in the NKI dataset (n = 295). Scale bar, 50 mm. p values were obtained by two-tailed unpaired t test (B, E, and F) or Pearson’s correlation analysis (other...
说起富集分析,大家肯定都很熟悉,尤其是像GO和KEGG这种分析,这是基于基因进行分析的,还有基于样本进行分析的,比如说GSEA富集分析,这种分析方法小云也是用过的,但当时小云为了图省事,都是在一些在线工具,但…