单拷贝直系同源基因的重要性 单拷贝直系同源基因在生物学研究中具有重要的意义。首先,它们可以作为物种鉴定和系统发育研究的理想标记。由于这些基因在物种内部高度保守,但在不同物种之间存在差异,通过比较不同物种之间这些基因的序列差异,可以揭示它们之间的亲缘关系和进化历史。 其次,单拷贝直系同源基因还可以用于研究人类...
在系统发育中,涉及细胞核基因组层面,最常用到的数据是单拷贝直系同源基因。其中,单拷贝基因是指在整个基因组中仅出现一次的基因,与之相对的是多拷贝基因;直系同源基因是指在不同物种间发挥相同功能的基因,与之相对的是旁系同源基因和异同源基因。所以单拷贝直系同源基因的特点就是容易提取无需排除复制基因,且在不同...
在系统发育中,涉及细胞核基因组层面,最常用到的数据是单拷贝直系同源基因。其中,单拷贝基因是指在整个基因组中仅出现一次的基因,与之相对的是多拷贝基因;直系同源基因是指在不同物种间发挥相同功能的基因,与之相对的是旁系同源基因和异同源基因。所以单拷贝直系同源基因的特点就是容易提取无需排除复制基因,且在不同...
单拷贝直系同源基因构建进化树的主要步骤如下。 1. 准备好不同物种的序列文件,预测基因组的蛋白序列 prodigal (已知蛋白序列不用) 2. 单拷贝同源基因搜索 orthofinder 用于分析物种基因组中的单拷贝同源基因 使用命令:orthofinder -t 4 -a 2 得到的分析结果最好将序列ID重新命名一下,可以用seqkit、TBtools等软件批...
单拷贝直系同源基因在构建进化树中起到关键作用,因为它们的保守性较高,有利于揭示物种间的进化关系。 二、构建进化树的方法和步骤 1.收集多个物种的基因组数据,筛选出单拷贝直系同源基因。 2.计算不同物种间单拷贝直系同源基因的序列相似性。 3.根据序列相似性构建物种间的进化树,常用方法有简约法、最大似然法、...
作者在方法部分对建树流程有非常详细的介绍(Fig 2),首先是收集近缘物种和外群的基因组信息,第二步是提取单拷贝直系同源基因(Single-copy orthologous genes),第三步是提取四重简并位点并计算物种分化时间(用到了化石时间校正),今天的推送将介绍这个流程。
构建单拷贝直系同源基因的方法主要包括以下两个步骤: (1)寻找直系同源基因:通过比对不同物种的基因组序列,利用生物信息学方法找到具有相似序列和功能的基因。 (2)构建进化树:利用生物统计学方法,如最大似然法、贝叶斯法等,根据直系同源基因的序列差异构建进化树,以揭示物种间的进化关系。 3.进化树的构建和分析 进化...
需要的单拷贝直系同源基因序列在Single_Copy_Orthologue_Sequences文件夹里 3 分析并建树 使用mafft软件比对,使用seqkit对齐物种并将序列转为一行,最后用paste命令把序列连起来,类似于重测序分析时把SNP连起来建树 cd ./Single_Copy_Orthologue_Sequences ls *fa|while read file;do mafft --auto $file > $file....
至此orthomcl程序运行完毕,产生的groups.txt即为即为最终结果文件,可对其进行各种数据操作,例如提取单拷贝的直系同源基因,只需要判断同源组中包含研究的所有物种,且每个物种都只有一个基因,这样的就是一组单拷贝的直系同源基因啦。 参考文章: http://www.plob.org/2012/06/12/2207.html ...
单拷贝直系同源基因,作为一种特殊的基因类型,在进化树构建中具有重要的应用价值。本文将介绍单拷贝直系同源基因的概念、性质以及在进化树构建中的应用。 II.单拷贝直系同源基因的定义和性质 单拷贝直系同源基因是指在基因组中仅存在一个拷贝的基因,它来自于物种的祖先,并在后代物种中保持不变。单拷贝直系同源基因具有...