7.WebGestaltWEB-based GEne SeT AnaLysis Toolkit(WebGestalt)是一个综合的功能富集分析工具,其支持三种成熟且互补的富集分析方法,包括Over-Representation Analysis(ORA)、Gene Set Enrichment Analysis(GSEA)、Network Topology-based Analysis(NTA)。 工具链接: http://www.webgestalt.org/ 使用WebGestalt的步骤如下: ...
输入网址后进入网站主页,DAVID网站左侧区域是其四个常用的工具,而常用的是功能注释和ID转换工具。 操作步骤 首先介绍DAVID网站的功能注释工具,点击“Functional Annotation”,在Step1中输入我们准备好的20个差异基因,按照步骤输入。值得注意的是,DAVID网站的基因输入首先不能是单个基因,单个基因富集不到有意义的通路或者功...
http://metascape.org Metascape(http://metascape.org/) 是一个功能强大的基因功能注释分析工具,整合了GO、KEGG、Uniprot等多个权威的功能数据库 能帮助用户将当前流行的生物信息学分析方法应用到批量基因和蛋白质的分析中,以实现对基因或蛋白功能的认知。只需在Metascape网页几步简单的操作,就可以对大批量的基因或...
1.3 GO富集分析 加载了注释库之后,读取基因列表文件,并使用clusterProfiler的内部函数enrichGO()即可完成GO富集分析。 读取基因列表文件,并使用clusterProfiler的内部函数enrichKEGG()即可完成KEGG富集分析。 此外,clusterProfiler中也额外提供了一系列的可视化方案用于展示本次富集分析结果,具有极大的便利。 参考: ;utm_medium...
Enrichment: 对于富集分析的参数及cut-off值可以进行更改设置,然后点击“Enrichment Analyze”进行分析,结果和点击“Express Analyze”后的结果是一致的。 宝贝评价 Metascape数据库用起来还是不错的,做基因功能注释丝毫不差于DAVID网站,最主要的是网站更新较快,操作简单。想做功能注释的小伙伴,赶紧行动起来吧!
是专注于基因功能注释和富集通路分析的⽹站。DAVID⽹站 界⾯介绍 先看第⼀个⽹站——DAVID⽹站，官⽅⽹址为：https://david.ncifcrf.gov/。输⼊⽹址后进⼊⽹站 主页，DAVID⽹站左侧区域是其四个常⽤的⼯具，⽽常⽤的是功能注释和ID转换⼯具。操作步骤 ⾸先介绍DAVID⽹站的...
Enrichment: 对于富集分析的参数及cut-off值可以进行更改设置,然后点击“Enrichment Analyze”进行分析,结果和点击“Express Analyze”后的结果是一致的。 宝贝评价 Metascape数据库用起来还是不错的,做基因功能注释丝毫不差于DAVID网站,最主要的是网站更新较快,操作简单。想做功能注释的小伙伴,赶紧行动起来吧!
值得注意的是,DAVID网站的基因输入首先不能是单个基因,单个基因富集不到有意义的通路或者功能;DAVID网站的gene list限制输入不超过3000个基因;输入格式是每行一个基因名或者基因名用逗号隔开。 Step2中选择'OFFICIAL_GENE_SYMBOL', Step3中选择'Gene list'。 点击提交列表,跳转界面。 点击“Gene_Ontology”进行GO分析...
http://metascape.org Metascape(http://metascape.org/) 是一个功能强大的基因功能注释分析工具,整合了GO、KEGG、Uniprot等多个权威的功能数据库 能帮助用户将当前流行的生物信息学分析方法应用到批量基因和蛋白质的分析中,以实现对基因或蛋白功能的认知。只需在Metascape网页几步简单的操作,就可以对大批量的基因或...