从PDB首页的搜索条里,可以通过搜索PDB ID、分子名称、作者姓名等关键词来查找蛋白质三级结构。此外,利用高级搜索工具,可以通过序列相似性搜索获得与输入序列在序列水平上相似的蛋白质的三级结构。搜索方法选 BLAST,输入序列,点击“Result Count”。这里不详细介绍,因为我们做分子对接,通常蛋白名称是已知的。我们重点介绍...
基本思路是先对蛋白和小分子进行预处理,去水加氢,因为他们会影响对接时相互作用的计算。然后设置对接口袋和对接参数,AutoDock是半柔性对接,即蛋白分子是刚性的,固定不动,小分子有一定结构柔性且在对接时会环绕蛋白分子寻找结合区域。保存设置好的对接文件进行对接,选取多次对接结果中结合能最高的一次作为对接结果,对接结...
2.2蛋白与配体分子的收集与预处理 2.3金属离子的处理 2.4金属辅酶蛋白-配体的对接 2.5结果分析 以人类法尼基转移酶及其抑制剂为例 3.蛋白-多糖分子对接 4.1蛋白-多糖相互作用 4.2对接处理的要点 4.3蛋白-多糖分子对接的流程 4.4蛋白-多糖分子对接 4.5相关结果分析 以α-糖苷转移酶和多糖分子对接为例 5.核酸-小分子...
我们这里保存为PDB格式蛋白文件文件名称:1E8Y_PYMOL.pdb。 如果我们去掉的组分比较多,比如有多条链,去掉了其中的一些链,把不需要的水分子,离子,溶剂分子去掉,只保留对对接需要的部分,对剩下的结构我们需要进行一个修复。这里需要一个网页工具,地址:https://swift.cmbi.umcn.nl/servers/html/model.html. 做法是...
图2 小分子配体-对接位点预测 图3 蛋白-蛋白对接位点预测 图4 蛋白对接正方体盒子示意图 三 技术参数 1、受体信息: ① 需要提供 PDB 数据库蛋白编号; ② 需要提供 Uniprot 数据库蛋白/基因编号; ③ 蛋白的物种信息以及完整的氨基酸序列; ④ 蛋白的活性位点信息; ...
在进行分子对接时，我们应选择VVS的结合位置作为对接口袋，因为它代表了活性分子对蛋白功能发挥效用的地方。同时，我们不应忽视NAP这样的辅酶。即使它不是直接的配体，但由于NAP与VVS存在直接的相互作用，我们应该将它视为受体的一部分，在对接时保留，以确保对接的准确性和功能完整性。此外，常见的辅酶如ADP、ATP、NAD...
总之,需要先了解这些所解析的晶体结构是否已经包含了拟对接分子的潜在结合位点,已知的配体和我们要对接的分子结构相似度。越相似越好,还需注意晶体结构中蛋白序列是否为野生型、是否含有PTM、是否存在有可能引起构象变化的特殊有机溶剂和别构效应分子等。如果系列晶体结构的性质都类似,选择分辨率最高的。
CADD计算机辅助药物设计设计流程,让学员能够掌握包括PDB数据库、靶点蛋白、蛋白质-配体、蛋白-配体小分子、蛋白-配体结构、notepad的介绍和使用、分子对接、蛋白-配体对接、虚拟筛选、蛋白-蛋白对接、蛋白-多糖分子对接、蛋白-水合对接、Linux安装、gromacs分子动力学全程实操、溶剂化分子动力学模拟、AIDD人工智能药物发现与...
⑨ 左栏出现一堆对接好的结果,第一个是打分最高的,选中第一个改一下分子的呈现模式为stick。 ⑩ 点击左栏view interactions以及show 2D Diagram 五、DS进行DNA分子对接 ① 准备配体和蛋白对接一样 ② DNA的PDB文件导入之后,加氢去水之后,不用准备蛋白,因为他不是蛋白,直接设置对接盒子即可。receptor ligand inter...
许多文章提到了蛋白质组学和分子对接的目的是筛选药物,例如利用槐果碱(SPC)作用于小鼠的哮喘模型,通过与正常小鼠对比,找到了上调和下调的差异蛋白,利用SPC与所有的差异蛋白进行模拟对接,通过结合能等指标判断,从而选出SPC的靶向蛋白。 然而,在小牟的数据中,主要目的不是找药物的靶向蛋白。在某个外界条件的影响下,我...