从PDB首页的搜索条里,可以通过搜索PDB ID、分子名称、作者姓名等关键词来查找蛋白质三级结构。此外,利用高级搜索工具,可以通过序列相似性搜索获得与输入序列在序列水平上相似的蛋白质的三级结构。搜索方法选 BLAST,输入序列,点击“Result Count”。这里不详细介绍,因为我们做分子对接,通常蛋白名称是已知的。我们重点介绍...
例如,优先选择分辨率为0.9Å的蛋白结构,因为这表示分子直径与光波长度的比值,值越小,分辨率越高。 🎯 活性位点:选择那些已知或推测为活性位点的蛋白,这些位点是配体与受体结合的关键区域。这些信息可以通过蛋白数据库如PDB获取。 🌐 生物学功能和疾病相关性:选择与研究目标密切相关的蛋白。这包括蛋白在特定疾病中...
总之,需要先了解这些所解析的晶体结构是否已经包含了拟对接分子的潜在结合位点,已知的配体和我们要对接的分子结构相似度。越相似越好,还需注意晶体结构中蛋白序列是否为野生型、是否含有PTM、是否存在有可能引起构象变化的特殊有机溶剂和别构效应分子等。如果系列晶体结构的性质都类似,选择分辨率最高的。 点击链接栏中的...
分子对接教程 | (2) 选择合适的蛋白受体 蛋白质的三级结构是指整条多肽链的三维空间结构,也就是包括碳骨架和侧链在内的所有原子的空间排列。第一个蛋白质的三维空间结构于 1958 年用 X-射线衍射法(X-ray Crystal…
建筑 互联网 行业资料 政务民生 说明书 生活娱乐 搜试试 续费VIP 立即续费VIP 会员中心 VIP福利社 VIP免费专区 VIP专属特权 客户端 登录 百度文库 期刊文献 会议分子对接蛋白选择分子对接蛋白选择 ©2022 Baidu |由 百度智能云 提供计算服务 | 使用百度前必读 | 文库协议 | 网站地图 | 百度营销 ...
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分子对接教程 | (1) 软件 关于蛋白质结构的PDB文件,做分子对接,估计大家都知道PDB这个蛋白质数据库啦。这里简单的介绍一下。 蛋白质的三级结构是指整条多肽链的三维空间结构,也就是包括碳骨架和侧链在内的所有原子的空间排列。第一个蛋白质的三维空间结构于 1958 年用 X-射线衍射法(X-ray Crystallography)测定...
(分子对接教程)选择合适的蛋白受体20220602 菜鸟博士Caesar 蛋白质的三级结构是指整条多肽链的三维空间结构,也就是包括碳骨架和侧链在内的所有原子的空间排列。第一个蛋白质的三维空间结构于 1958 年用 X-射线衍射法(X-ray Crystallography)测定。这种方法目前仍然是获取蛋白质三级结构的主要方法。PDB 数据库中绝大多...
接前文:分子对接教程 | (1) 软件安装准备 关于蛋白质结构的PDB文件,做分子对接,估计大家都知道PDB这个蛋白质数据库啦。这里简单的介绍一下。 蛋白质的三级结构是指整条多肽链的三维空间结构,也就是包括碳骨架和侧链在内的所有原子的空间排列。第一个蛋白质的三维空间结构于 1958 年用 X-射线衍射法(X-ray Cry...
首先,在选择分子对接蛋白时,需要考虑蛋白质的纯度和活性。通常来说,纯度较高的蛋白质会更容易进行分子对接,并能得到更准确的结果。 在选择小分子时,也需要考虑其纯度和活性。通常来说,纯度较高的小分子会更容易与蛋白质结合,并能得到更准确的结果。此外,小分子的活性也很重要,因为活性低的小分子可能无法与蛋白质...