分子对接(molecular docking)是分子模拟的重要方法之一,其本质是两个或者多个分子之间通过几何匹配和能量匹配相互识别的过程。其中,几何匹配是分子间发生相互作用的基础,通过计算机计算出配体与受体最佳的空间结合构象;能量匹配则是分子间保持稳定结合的基础,通过对受体-配体复合物间的弱相互作用(包括氢键、范德华力、π-...
1、分子对接(Molecular Docking)就是两个或多个分子之间通过几何匹配和能量匹配相互识别找到最佳匹配模式的过程。 2、分子对接技术(Molecular Docking Method, MDM)是指通过电脑模拟将小分子(配体)放置于大分子靶标(受体)的结合区域,再通过计算物理化学参数预测两者的结合力(结合亲和性)和结合方式(构象),进而找到配体...
分子对接(molecular docking)是一种计算化学方法,用于研究分子(例如药物)和分子(例如靶标蛋白)之间的相互作用。 它在原子水平上模拟了小分子在生物大分子表面上的结合方式,以预测它们之间可能的结合模式和结合能力,从而来以评估药物的活性和选择性或了解药物与蛋白之间相互作用背后的基本生化过程。 该技术的基础是已经解...
分子对接定义：定义1：分子对接是通过受体的特征以及受体和药物分子之间的相互作用方式来进行药物设计的方法。主要研究分子间 (如配体和受体)相互作用,并预测其结合模式和亲和力的一种理论模拟方法。定义2：分子对接即在计算机中模拟分子识别的过程，其目的是为了找出蛋白及其配体的最佳结合构象，并确保复合物整体的结合...
分子对接(Molecular Docking)理论 所谓分子对接就是两个或多个分子之间通过几何匹配和能量匹配相互识别找到最佳匹配模式的过程。分子对接对酶学研究和药物设计中有重要的应用意义。 分子对接计算是在受体活性位点区域通过空间结构互补和能量最小化原则来搜寻配体与受体是否能产生相互作用以及它们之间的最佳结合模式。分子对接...
1.4分子对接的一般流程 2.常规的蛋白-配体对接 2.1收集受体与配体分子 2.2复合体预构象的处理 2.3准备受体、配体分子 2.4蛋白-配体对接 2.5对接结果的分析 以新冠病毒蛋白主蛋白酶靶点及相关抑制剂为例 第二天 虚拟筛选 1.小分子数据库的介绍与下载 2.相关程序的介绍 ...
分子对接(molecular docking)是一种计算化学方法,用于研究分子(例如药物)和分子(例如靶标蛋白)之间的相互作用。 它在原子水平上模拟了小分子在生物大分子表面上的结合方式,以预测它们之间可能的结合模式和结合能力,从而来以评估药物的活性和选择性或了解药物与蛋白之间相互作用背后的基本生...
1.1分子对接的概念及基本原理 1.2分子对接的基本方法 1.3分子对接的常用软件 1.4分子对接的一般流程 2.常规的蛋白-配体对接 2.1收集受体与配体分子 2.2复合体预构象的处理 2.3准备受体、配体分子 2.4蛋白-配体对接 2.5对接结果的分析 以新冠病毒蛋...
PyRx分子对接 导入蛋白结构：点击File-load molecule，打开4FAA.pymol.pdb，选中蛋白，右键—AutoDock—Make Macromolecule。导入小分子：open Babel。能量最小化：（1）右键—minimize all。（2）转换格式：covert all to autodock ligand (pdbqt)。转换格式后选择配体的pdfqt文件—显示球体。选择受体和配体分子：...