5.2.4、关联网络图 关联网络图中为基于 spearman 相关性分析计算相关性表1和相关性表2数据间的关联性,共表达关系对根据选择的显著性标识绘制方法的所选阈值及相关性系数的所选阈值镜像筛选。蓝点来自表2,红点来自表1,红线代表正相关,绿线代表负相关。线的粗细代表相关性系数的高低。 图13 | Correlation_cor0.8p0...
执行已完成,运行结果保存的目录位置为: D:/omics_tools/demo_data/renal_combine_gses\7.2.wgcna_outlier_sample_remove; 分析结果日志保存的路径为: D:/omics_tools/demo_data/renal_combine_gses\7.2.wgcna_outlier_sample_remove\7.2.wgcna_outlier_sample_remove_last_final_run_res_log.csv 结果文件展示 结果...
执行已完成,运行结果保存的目录位置为: D:/omics_tools/demo_data/renal_combine_gses\7.2.wgcna_outlier_sample_remove; 分析结果日志保存的路径为: D:/omics_tools/demo_data/renal_combine_gses\7.2.wgcna_outlier_sample_remove\7.2.wgcna_outlier_sample_remove_last_final_run_res_log.csv 结果文件展示 结果...
R语言进行WGCNA 加权基因共表达网络分析,保姆级教程,每一条代码均添加详细注释,或许值得你的一键三连呢, 视频播放量 1.8万播放、弹幕量 5、点赞数 435、投硬币枚数 349、收藏人数 864、转发人数 134, 视频作者 盛夏的果实丶丶, 作者简介 没有个性,就不签名了 Q:3526506
最后得到许多共表达基因,如果太多的话可以提高限制条件 我们随便打开一个结果,可以看到,目标基因的表达与该基因的表达呈正相关(相关系数R一般大于0.3就行,但是最好还是大于0.6才更有说服力)。 基因共表达分析教程就分享到这啦~欢迎关注支持~ 代码和示例文件戳下方链接获取哦~ ...
加权基因共表达网络分析 (WGCNA, Weighted correlation network analysis)是用来描述不同样品之间基因关联模式的系统生物学方法,可以用来鉴定高度协同变化的基因集, 并根据基因集的内连性和基因集与表型之间的关联鉴定候补生物标记基因或治疗靶点。 该分析方法旨在寻找协同表达的基因模块(module),并探索基因网络与关注的表型...
时序分析第 5 弹! 单个时间序列 表达谱的基因共表达网络 (TO-GCN), 含网络图构建方法 哈。 更多时序分析教程见《生信益站》公众号! 引言 该管道包含三个步骤:(1) 确定 TO-GCN 的 PCC 截… 阅读全文 共表达网路分析 学术渣在欧洲 巴黎萨克雷大学 生命与健康科学博士 ...
一杯奶茶钱,获得套可以流畅运行的单基因共表达分析代码,倘若是代码本身有问题,私信我,远程给你解决。如果是个人问题,则需要付小钱解决。 注:重要部分不放图 1.下载好后加载包 2.设定研究的目的基因,设定cor和pvalue筛选值。 3.导入表达数据文件并对数据进行处理 ...
共表达网络分析的介绍和动机加权基因共表达网络分析的基础知识使用R中的wgcna包的WGCNA分步指南, 视频播放量 209、弹幕量 1、点赞数 1、投硬币枚数 0、收藏人数 11、转发人数 6, 视频作者 小云爱生信, 作者简介 我司将持续更新生物信息学,相关视频,文章,关注可私信提问哦
差异分析 p值<0.05 Q值<0.05(因多分组,不考虑fold change) 趋势分析 p值<0.05 显著性趋势功能分析(STC-GO)生物过程 p值<0.01,FDR<0.01网络分析 基因共表达分析 5、 运行方案14分钟即分析完成,结果如下: 拓展 检测工具Affymetrix GeneChips Mouse 430 2.0 Arrays(文章使用) ...