基因共表达是一种使用大量基因表达数据构建基因间的相关性,从而挖掘基因功能的一类分析方法。通过基因共表...
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WGCNA(Weighted Correlation Network analysis)是一个基于基因表达网络权重构建,描述基因表达的关联模式的R包。一般来说需要两个文件,多个样本的基因表达量(fpkm矩阵),可以根据表达量可以计算相关性,还有一个就是所谓的权重,简单的解释就是这些样本中的一些性状或者条件,比如重量、高度、应激条件等等,最后的分析相当于把...
WGCNA是用来分析基因表达数据的,可以通过基因的表达数据找到基因中表达模式相同或者相类似的模块,理论上这个模块中的基因都是发挥某一个生物学功能的模块,具有相同的表达模式。所以WGCNA分析需要的数据就是数值型的表达数据,给一个数值矩阵或数据框都可以。
一般是高通量的rna表达数据,大致分为芯片表达谱和测序数据。芯片一般是affy和illumina的比较多;测序的话现在hiqseq2000或者2500;构建网络需要表达置矩阵,然后经过scale free参数选择,构建一个赋权的网络。
弗瑞思共定位分析,可以给出多标图像中每个通道的阳性细胞数,以及任意通道组合的共阳性细胞数,基于HALO...
WGCNA(Weighted Correlation Network analysis)是一个基于基因表达网络权重构建,描述基因表达的关联模式的R包。一般来说需要两个文件,多个样本的基因表达量(fpkm矩阵),可以根据表达量可以计算相关性,还有一个就是所谓的权重,简单的解释就是这些样本中的一些性状或者条件,比如重量、高度、应激条件等等,...
研究思路:利用TCGA和GEO数据,通过分析lncRNA和乳酸代谢相关(LMR)基因之间的共表达模式来鉴定乳酸代谢相关的长链非编码RNA(LMR-lncRNAs),然后分析lncRNAs水平与生存期的相关性,利用Cox回归构建了一个由14个LMR-lncRNAs组成的风险评分。评估此风险评分预测患者预后的能力,再通过GSEA和免疫浸润分析相关的信号通路和免疫细胞的...