今天主要测试的是Python版McScan(jcvi工具包),这个包很强大,是从MCScanx升级而来的基因组共线性分析软件。 一、安装 conda create-y-c bioconda-c conda-forge-n jcvi jcvi//为了怕依赖包冲突,新建了一个jcvi的环境source activate jcvi pip install git+git://github.com/tanghaibao/jcvi.git 或者 pip install ...
jcvi网址:MCscan (Python version) · tanghaibao/jcvi Wiki · GitHub jcvi的安装方式请参考网络上的教程 数据准备: 1.cds序列(1.cds、2.cds、3.cds) 2.gff3文件(1.gff3、2.gff3、3.gff3) 参考脚本 #将gff文件转为bed文件 python3 -m jcvi.formats.gff bed --type=mRNA --key=Name 1.gff3 -o...
共线性分析-MCscan - python (jcvi) 本来是不会再写这个文档的,但是由于长时间没有用这个模块,这个模块不知道是我自己弄掉了,还是别的同学误删了,于是我重新安装一下。 首先下载conda,并下载好python which pip 直接安装 注意: 1. 请下载conda3版本,本模块由python3支持; 2. home目录和电脑C盘一样,如果home...
参考这个问题解决一下：https://www.omicsclass.com/article/572
共线性分析-MCscan - python (jcvi) 2020-11-03 18:22 −... Yuan-SW-F(abysw) 0 1873 Python--0.初识python 2019-09-28 21:13 −Python python是一种跨平台的计算机程序设计语言,是一种面向对象的动态类型语言。 最初被设计用于编写自动化脚本(shell),随着版本的不断更新和语言新功能的添加,越来越...