可以将基因表达的调控与分子生理学和功能基因组学的特定方面联系起来。整合分析将RNA-seq数据作为主要基因...
RNA-SEQ(七):TBtools做GO富集分析及R中的可视化 题目:对DEseq2差异分析得到的差异基因进行GO富集。 目的:旨在对基因和蛋白质功能进行限定和描述的。 内容: 1. 下载GO注释背景文件,准备好需要富集的基因列表。 2. 将数据上传到TBtools中进行基因富集。 数据:进一步筛选得到的差异基因列表。 工具:TBtools。 步骤: ...
他们利用 CRISPR 技术对目的 lncRNA 的 promoter 进行了 allele-specific 的切除,然后进行了 allele-specific 的 RNA-seq,检测 target lncRNA 与附近基因的 RNA 水平。 Allele-specific RNA-seq 通过设计 allele-specific oligo,将目的区域附近 1Mb 的 RNAs 区分为两个 allele 来源的 RNA,再进行 RNA-seq。 以l...
2、分析流程,英文是pipline 或者workflow,在ncbi搜索RNAseq pipline或者RNAseq workflow,你会发现新大陆,看这些文章,大部分文章会非常完整的,可重复性高,比网上随便查的攻略不知道详细到哪里,这些才是专业人士写的攻略,但要注意软件版本,rnaseq算是比较成熟技术,文献大多会旧一点,一定按照文章的版本安装软件,等熟练...
此外,根据体外研究的最新发现(Deroyer等人,2019),软骨细胞被报告为调节过程增殖和转分化为“软骨肌成纤维细胞”。 随着OA的发展,处于同一病态组织中的处于不同病理阶段的细胞将会出现,在疾病的发展中起着独特的作用。 因此,通过scRNA-seq分析鉴定不同病理阶段细胞簇的研究工作将有助于更好地了解OA的病因和进展。
m6A抗体富集这部分的protocol,请参考m6A权威,m6A-seq的发明人以色列特拉维夫大学医学院的Gideon Rechavi教授发表在Nature Protocols(Pubmed id:23288318)的文章。这里面会有非常详细的步骤教你如何做m6A抗体去IP带有甲基化修饰的RNA。到时候注意打断长度为200-300nt即可,打断需要做几次条件实验。也就是说除了打断长度转换...
本文应用RNA-seq技术,寻找成肌细胞与早期肌管的差异分子,发现并鉴定出lncMyoD,并从其对邻近靶基因MyoD与下游基因调控方式两方面探讨lncMyoD的调控机制。 1、发现和鉴定lncMyoD A. RNA-seq寻找差异分子; B. 根据基因位置关系确定lncMyoD。 2、lncMyoD序列及表达模式特征 A. RACE确定lncMyoD序列; B. lncMyoD表达...
RNAi是其中一种有效工具，通过降低特定基因的mRNA表达水平，达到抑制对应蛋白表达的目的。
有IP。不过这个研究拿到了FDA的授权。他们以学术目的公开序列:为了之后做RNA-seq能够分辨疫苗序列,否则不知道序列的话,可能会被误认为是患者感染或者其他原因。 @枕鹿堂 :嘛 莫非没有在序列方面搞IP?虽然spike蛋白的序列早就公布了… 孟凡康: Moderna和辉瑞的Spike Protein序列是一样的,单密码子进行了不同的优化。
我们的目的是筛选预后lncRNA并挖掘它们在LUSC中的作用。从癌症基因组图谱中提取原发性肺癌的RNA-Seq数据。一般情况下,癌症样本中改变的lncRNA会在单变量生存分析中进行筛选和分析,以确定预后的lncRNA。生成稳健的基于似然的生存模型,并执行1000次随机采样迭代以计算特征关键lncRNA的频率。这些lncRNA的聚类和多变量生存...