第1 步 - 打开 PyMOL 软件并加载对接的 PDB 结构 打开PyMOL并转到文件→打开并打开对接的 PDB 结构。我在 PyMOL 中打开我的docked structure- 正如我们所见,我有两个分子在这里对接,1IGR 和 1B9G,它们是对接在这里的我的受体和配体(蛋白质)。 您可以从我在本博客末尾提供的链接访问 1IGR 和 1B9G 的...
4.灵活易用:支持命令行操作,方便结合脚本进行批量处理,并可根据用户需求调整对接参数。 01 ZDOCK 提供了网页版工具(https://zdock.wenglab.org/),方便用户进行在线蛋白-蛋白对接。通过网页版,用户可以快速提交两个蛋白质的结构文件(通常为 PDB 格式),并获得 ZDOCK 预测的对接结果。网页版的优点在于无需本地安装软...
PyMOL是一款广泛应用于生物学和化学研究中的分子三维结构可视化和分析工具,特别是对于蛋白质和小分子的三维结构展示和分析。以下是关于PyMOL的使用教程,包括其基础概念、优势、类型、应用场景,以及常见...
Pymol是一款用于可视化蛋白质和分子的开源软件。它提供了许多功能和工具,使用户能够准确而美观地展示和分析分子结构。下面是Pymol的使用指南。 1.下载和安装:首先,从Pymol的官方网站( 2.打开Pymol:安装完成后,打开Pymol软件。界面会显示一个空白画布,以及菜单栏和工具栏。用户可以使用菜单栏中的各个选项,通过命令行...
PyMOL是一款用于分子可视化的强大工具,它可以帮助科学家和研究人员可视化蛋白质、分子和其他化合物的三维结构。下面我将从安装、基本操作和高级功能三个方面来介绍PyMOL的使用指南。 首先是安装。PyMOL可以在官方网站上下载,它支持Windows、Mac和Linux系统。安装完成后,你可以启动PyMOL并开始使用。 接下来是基本操作。在...
Pymol分子对接可视化基础课程-如何下载大分子PDB文件,如何展示蛋白质不同结构和颜色,如何保存并导出高分辨率图片 940 0 01:49 App Alphafold3输出的结果文件数据解读及复合体预测流程 1904 0 04:41 App Xcailibur 4.1质谱分析软件在Win11系统上的安装教程以及软件简单演示 2375 1 05:45 App Autodock分子对接软件...
【自主研发】如何使用Discovery Studio进行反向分子对接实现反向找靶-一对多或多对多东方科软 立即播放 打开App,流畅又高清100+个相关视频 更多1685 -- 8:23 App Autodock分子对接(完)-PyMOL可视化 3759 -- 5:34 App 蛋白-蛋白分子对接教学|蛋白互作服务器介绍 449 -- 2:08 App Autodock对接后运用...
(B)靠前模型的TCR和pMHC之间的界面如图(A)所示,共享的CDR3β基序(序列:PLVGAP)呈绿色,显示为棒状。多肽残基显示为棒状,与MHC和/或肽相互作用的TCR CDR1β和CDR2β残基显示为棒状并带圆圈。使用PyMOL可视化结构。 第二个例子,TCRmodel2被用来模拟II类TCR-pMHC与肿瘤浸润性淋巴细胞TCR(命名为4285-TCR1)相互...
Protein Data Bank(PDB) 为存储蛋白质3D结构的数据库,提供蛋白的结构解析和功能注释。我们可以通过PDB直接查找和下载蛋白的3D结构文件,然后就可以使用Chimera和PyMoL软件进行可视化了。 数据库链接: https://www.rcsb.org/ 4 Chimera绘制蛋白3D结构 Chimera可用来将生物分子结构数据的可视化,包括密度图、序列比对、分子...
五、利用PyMoL绘制3D结构图 PyMoL是一款基于Python的生物大分子(特别是蛋白质)的三维结构可视化软件。它不仅可以生成高质量的蛋白三维结构图片和动画,还具有丰富的功能,如编辑分子对接结果、查看分子动力学轨迹等。用户可以根据自己的需求,按照PyMoL的帮助文档进行操作。