基因组规模代谢网络模型是将一个生物体内所有已知的代谢反应和途径整合在一起,用一种标准化的计算机可读格式表示出来的数学模型,它能够反映这个生物体内部复杂的代谢网络,并可以用于数据模拟和预测。 具体而言,基因组规模代谢网络模型由以下几个要素构成: 细胞内部发生的所有生化反应。这是模型的核心部分,反映了细胞可以...
近年来,随着组学技术的发展,重要的模式工业微生物全基因组都已公布,研究者可以基于基因组数据构建基因组规模代谢网络模型(Genome-scale metabolic network model,GSMM),对基因组、代谢反应和蛋白三者之间的关系进行表征,使解析工业微生物复杂代谢网络和调控...
同样,Chatsurachai等人通过依次添加来自代谢数据库的异源反应来扩展三种生物的GEM。在集成模型的指导下,可以确定任何非天然产物在三种宿主中的可生产途径。这些研究仅仅利用集成模型来识别异源反应以获得非天然产物的可生产性,而没有考虑引入异源...
通过分析这个代谢网络模型,可以揭示出生物体内代谢系统的结构和功能,从而帮助科学家更好地理解生物体内的代谢过程。 二、生物代谢网络模型分析方法的应用 1.代谢通路分析 代谢通路是指代谢物在生物体内相互转化的路径。通过分析代谢网络模型,科学家可以确定特定代谢物的合成途径和降解途径,揭示出生物体内代谢通路的调控机制...
代表混合培养的微生物群落基因组尺度代谢模型(简称,GSMM模型)是通过 COBRA 工具箱中的 createMultipleSpeciesModel 函数创建的。 结果是创建了一个共同的细胞外隔间,其中单个GSMMs被封装,并与环境共享边界代谢物交换,有效的模拟了交叉喂养和营养竞争。而为了模拟再现实验观察到的菌株在不同生长模式下的代谢活动,引入了群...
总结：基因组尺度代谢网络模型（Genome-scale metabolic network model，GEM）的产生是后基因组时代各种组学、生物信息学、计算机科学相互结合的必然结果，是目前成熟、有效的从系统角度将生物体内的代谢网络用数学方式表达并进行模拟计算的方法。背景：我们都知道细胞代谢是一个复杂的过程，涉及到成千上万种不同的化学代谢...
代谢网络模型/metabolic network model/ 最后更新 2022-01-20 浏览42次利用数学方法系统地将代谢网络中复杂生物化学反应的非线性特征进行分析的数学模型。 英文名称 metabolic network model 所属学科 生物学总编委会 学科编委会 关于我们 三版介绍版权所有 © 2021 中国大百科全书出版社 Copyrights © 2021 by ...
而基因组代谢网络模型(genome-scale metabolic models,简称GEMs或GSMM)正是基于这一需求而发展起来的。基因组代谢网络模型是基于特定生物体的基因组序列,将所有与代谢相关的基因、酶、生化反应和代谢物数据整合到一起的知识库,并将其转化为数学模型,实现对目标生物体代谢表型的预测,系统表征基因与表型之间的关系[2]。
代谢网络模型在疾病诊断与治疗中的应用-代谢网络模型在疾病诊断与治疗中的应用随着生物技术的快速发展,越来越多的基因数据库和生物分子信息得以获取,致使生物学越来越需要系统性和综合性分析的方法。代谢网络模型(metabolic network model)就是其中一种最重要、最广泛应
图2 已发表代谢网络模型的统计 Fig. 2 The number of published GSMM (As of March 2019). 图选项 [20-22] [20] [23-26] E coli [23] E coli [27] Mycoplasma genitalium [28] i Ketogulonicigenium vulgare Bacillus megaterium B metagerium ...