在有代谢组和转录组数据的情况下,进行KEGG通路注释及富集分析以筛选差异基因,可以遵循以下步骤: 一、数据预处理 1.转录组数据: 质量控制:使用工具如FastQC检查原始序列数据的质量,然后使用Trimmomatic或fastp进行质量修剪。 序列比对:使用比对工具(如HISAT2、STAR或Bowtie2)将清洁的读段比对到参考基因组上。
液液萃取方法的选择和优化对代谢组学研究的成功至关重要。通过调整水相与有机相的比例及优化水相的pH值，可以提高代谢物的提取效率，进而为代谢通路富集分析提供可靠的代谢物数据。这不仅有助于发现新的生物标志物，还能深入理解药物或疾病对代谢通路的影响。此外，液液萃取的优化还能够提高实验的可重复性...
最后利用MSEA分析差异代谢产物在脂质代谢相关途径中的富集情况(图3.G-H)。即经过代谢组单组学分析后,发现FOXO1通过改变不同代谢产物的分泌和相关代谢通路来调控脂肪生成的。 图3. POS模式和NEG模式下的代谢产物分析结果(C-H由Omicsmart绘制):差异分析(A、B);KEGG富集分析(C、D);相互作用网络图(E、F);MSEA分析...
KEGG通路分析 有编制的弼马温 6.5万81 11:20 4.差异代谢物分析 起名字容易暴露年龄 1.7万2 使用MetaboAnalyst进行代谢组学数据分析 小云爱生信 MetaboAnalyst 5.0 - Enrichment Analysis XiaLab MetaboAnalyst 5.0 - Statistical Analysis (Other analysis)
代谢组学的代谢通路富集分析和MYROLE该怎么用 代谢组学是对一系列相似的生物样本中的代谢物进行比较分析的学科。代谢物在生物系统中起着至关重要的作用，因此代谢组学可用于发现和鉴定生物标志物，或更好地了解药物或疾病对已知和未知生物通路的影响。成功的代谢物组学研究依赖于有效的代谢物提取。对于非...
基因和代谢物通路机制图该怎么画?🧑🏻💻当我们做完差异代谢物和差异基因KEGG富集分析的时候,该如何研究两组学共同参与的通路机制呢?这就是我们今天要讲的通路机制图可视化,联合logFC值的变化+基因/代谢的调控关系,可以更好的探究组学 - 科研小怪兽儿于202405
北京百泰派克生物科技有限公司(Beijing Bio-Tech Pack Technology Company Ltd.简称BTP)从事以生物质谱为依托的生物药物表征,大分子物质(包括蛋白质、多肽、代谢物)质谱分析以及小分子物质检测服务。公司采用ISO9001质量控制体系,专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务,业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药...
代谢物通路富集分析(KEGG) mu蝴蝶 1.8万 17 01:27 血清代谢组学通路富集分析 洵美且好大风车 3036 0 02:23 MetaboAnalyst代谢分析作图 我愛王菲_ 3065 1 04:28 MetaboAnalyst 5.0 - Statistical Analysis (Other analysis) XiaLab 4001 1 ...
3. 转录组-代谢组分析 在进行多组学关联分析的时候,主要是将它们各自鉴定出的差异物质-源基因进行整合分析,挖掘基因在不同组学水平之间的潜在联系和关联程度,从而去锁定关键通路或者是关键基因。在这个案例的关联分析中,除了研究不同组学水平上的共同富集途径之外,它还为了探究出哪些DEGs和DEMs之间相互关联,进行了不同...
代谢组学的代谢通路富集分析和MYROLE该怎么用 代谢组学是对一系列相似的生物样本中的代谢物进行比较分析的学科。代谢物在生物系统中起着至关重要的作用，因此代谢组学可用于发现和鉴定生物标志物，或更好地了解药物或疾病对已知和未知生物通路的影响。成功的代谢物组学研究依赖于有效的代谢物提取。对于非...