不同于PCA是用来看整体的变化趋势,而PLS-DA则是用来筛选不同组之间的差异代谢物,利用这个分析方法,我们可以得到需要重点关注的代谢物,这些代谢物是引起不同处理或者不同组之间差异的主要贡献者,在完成PLS-DA分析后,我们会获得分析得到的一个参数,VIP值,变量重要性投影,该值的大小就表明该代谢物对于分离两组之间的...
KEGG功能富集热图中,每一列代表分型比对组,每一行代表一个代谢通路,右侧是通路的归类信息,色块表示的是-log10(Pvalue)的大小,颜色越亮表示这个比对组的差异代谢物在这条通路上越富集。KEGG功能富集气泡图中,行代表代谢通路,列代表分型比较组别,颜色代表-log10(Pvalue),越亮则所属该分型比较组别的差异代谢物在...
北京百泰派克生物科技有限公司(Beijing Bio-Tech Pack Technology Company Ltd.简称BTP)从事以生物质谱为依托的生物药物表征,大分子物质(包括蛋白质、多肽、代谢物)质谱分析以及小分子物质检测服务。公司采用ISO9001质量控制体系,专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务,业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药...
最近用Simca软件统计分析代谢组学实验结果，在进行PLS-DA分析时，发现无论拟合几个主成分，最后给出的Q...
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数据经过PLS-DA分析后,会产生3张图片,分别是得分图、模型验证图、s-plot图,我们最常见到的则是得分图,因此在对得分图进行描述的时候也就相对比较简单,可以描述一下模型建立的一些参数(R2X、R2Y、Q2),以及得分图中的PC1和PC2,最后描述利用该模型进行差异代谢物筛选,挑出重点关注的差异代谢物即可啦。