最后，将annotation CSV文件与表达矩阵结合。通过探针编号作为桥梁，可以轻松匹配并获取基因符号（gene_symbol）、染色体位置等详细信息。遵循上述步骤，即可实现从ID_REF到Gene_Symbol的转换，为后续的GEO数据库数据分析工作提供关键信息。
获取annotation CSV文件和表达矩阵,根据探针编号匹配就可以获取所有的gene_symbol、染色体位置等信息。
使用R语言获取人类所有基因的名字,ID,symbol以及别名 首先肯定是需要自行搜索了解 entrez gene ID, HUGO symbol, refseq ID, ensembl ID 这些专有名词咯。...org.Hs.egGENENAME) eg2alias=toTable(org.Hs.egALIAS2EG) eg2alis_list=lapply(split(eg2alias,eg2alias$gene_id...in% eg2symbol$symbol ){ symbo...
参考文章http://www.bioinfo-scrounger.com/archives/342计算FPKM值,发现计算完每个基因下所有外显子的总长度后,记录的都是ENSEMBL gene id,而我需要的是...奇怪的是GenomicFeatures既然把GTF文件读取进去了还抽取基因id了,但它就是不提供抽gene symbol的功能。...*gene_id \"(ENSG[0-9]+)\";.*" pattern...
可以去 http://blog.ayqy.net 看个痛快 一.三层抽象为了便于操作数据库,聪明的人类添了一些抽象层:底层抽象:Database Driver,连接数据库并与之通信,发出操作指令,取回操作结果...例如,要从users表查询id为9527的记录的name字段的话,用 Query Builder ...
,可以使用循环遍历数组的方式来实现。具体步骤如下: 1. 首先,定义一个空数组来存储获取到的ID。 2. 使用循环遍历数组的方式,逐个访问数组中的元素。 3. 在每次循环中,判断当前元素是否为存储的...