1.1 从全球最大的GEO公共数据库中下载下载该数据集的SRR编号文件对应的原始测序数据 1.1.1 在GEO数据库中找到感兴趣的GSE数据集的SRA原始数据的SRR编号 GSE数据集链接: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE226917 在跳转的SRA原始数据网页选中所有感兴趣的SRR
单个样本、单个 GEM well、单个流动槽:直接运行 cellranger-atac count,按照 单样本分析 说明完成分析。 单个样本、单个 GEM well、多个流动槽:一个文库来自单个 GEM well,但为了增加测序数据的深度(如提高饱和度),在多个流动槽上进行了测序,运行 ...
高通量测序原始数据上游分析全流程教程 基本分析流程 从公共数据库中下载高通量测序原始数据 1.1 从全球最大的GEO公共数据库中下载下载该数据集的SRR编号文件对应的原始测序数据 1.1.1 在GEO数据库中找到感兴趣的GSE数据集的SRA原始数据的SRR编号 GSE数据集链接: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?
来自专栏 · 转录组上游数据分析 1 人赞同了该文章 坚持学习才是最难得的 ——Jimmy 上一篇文章,有的人可能会问,为什么一定要Linux?最重要的原因就是你要使用的软件是Linux系统版本的,你要使用,就必须在Linux环境中运行。比如一些手机app,只有Android版本,那么ios就运行不了。 默认你现在已有Linux操作环境,上次...
2023年 中石化 上游油气勘探开采资本支出786 亿元,2024年计划资本支出778亿元,减少8亿元。中石化油气产量5.041亿桶,对应经营利润 379.67亿元,桶油经营利润10.7美元,分担总部费用,利息及所得税后净利润约264.6亿元,桶油净利润7.5美元。桶油折旧约13.16美元,作业费14.
ScRNA-seq数据的质量控制主要包括两个方面:数据的质量评估和数据清洗。质量评估一般包括读长、测序深度、测序质量、降噪等指标。数据清洗则包括去除低质量的序列、去除批次效应、标准化等步骤。在数据清洗之后,需要进行数据的标准化,以便后续的簇分析和差异表达分析。常见的标准化方法包括TPM(Transcripts Per Million)和...
这是一个新的系列,关于signac分析scATAC数据,我们从上游开始。我们之前在介绍ArchR的时候,介绍过cellranger-atac分析scATAC上游数据(ArchR包单细胞ATAC分析(1): 上游分析)。这里我们从公共数据库挖掘的角度,从上游分析开始,完成这个系列,关于ATAC的基本只是,请参考10X官网介绍或者其他!
转录组上游分析 | SRA数据解, 视频播放量 864、弹幕量 0、点赞数 5、投硬币枚数 0、收藏人数 7、转发人数 0, 视频作者 小杜的生信笔记, 作者简介 一个森信小白单身dog 记录+分享,学习,日常公⏱号『小杜的生信筆記』,分享交流開開心心快快樂樂成為一名“优秀狗子”,
在RNA-seq实验中,上游分析是至关重要的第一步,它涉及到数据质量控制、序列修剪和比对等过程。下面我们将详细介绍如何进行RNA-seq数据的上游分析。 数据下载数据下载是进行RNA-seq数据分析的第一步,我们需要从公共数据库(如NCBI)或者通过合作者获取原始的测序数据。常见的测序数据格式有FASTQ和BAM。 使用trim-galore进...