通过权衡每种方法的性能和简易性，研究者认为dUTP二链标记方法最好，在单端和双端测序数据中Unique比例，5’和3‘端的转录本分布比例以及样本间重复性方面均比其它方法表现优异。ABclonal 的RNA-seq链特异性文库构建试剂盒也是采用dUTP二链标记方法，确定转录本来源于正义链或反义链，更准确定量基因表达
这样构建出来的RNA-Seq库进行测序以后是分不清这个序列是来自于genome的那条链的,因为被测序的有可能是gene的foward strand 也有可能是reverse strand。 而链特异性的RNA-Seq建库是通过一定的建库策略,让RNA在反转录和加adapter的过程以后还能够保存链的信息的建库策略。如图1-2所示,红色的reads表示mapping到了genome...
然后用这个mRNA序列去制作cDNA image.png 然后用这个cDNA第一链 加dUTP去制作第二链 用双链的cDNA去制作文库 然后再把带u碱基的第二链降解 用第一个链去测序 Since the sequencing primer binding site is located in the 5′-end adapter, all reads would start from the 5′-end of the first-strand cD...
通过权衡每种方法的性能和简易性,研究者认为dUTP二链标记方法最好,在单端和双端测序数据中Unique比例,5’和3‘端的转录本分布比例以及样本间重复性方面均比其它方法表现优异。 ABclonal 的RNA-seq链特异性文库构建试剂盒也是采用dUTP二链标记方法,确定转录本来源于正义链或反义链,更准确定量基因表达和可变剪切事件,...
SMARTer Stranded RNA-Seq Kit用于构建illumina平台链特异性转录组文库,链特异性的转录组比率>99%.这款试剂盒的建库起始量为100pg到100ng的RNA。SMARTer Stranded RNA-Seq Kit采用的是随机引物的方法进行反转录,这种方法既可以使用ploy A RNA进行建库,也可以采用rRNA-removed total RNA 进行建库。
🔬链特异性RNA-seq:揭开转录秘密 📚经过一番钻研,我终于搞懂了链特异性RNA-seq的奥秘!分享给大家,一起探索生命的奥秘吧! 🔍首先,让我们了解一下相关名词: 正义链(Sense strand):编码蛋白质的链,与mRNA序列相同。 反义链(Antisense strand):转录成mRNA的模板链,与mRNA序列互补。 正链(Forward strand):基因...
利用FACS分离出A375细胞,分别以1-1,000个细胞起始,使用SMART-Seq Stranded Kit制备测序文库。由上述数据表明,该SMART-Seq试剂盒具有1-1,000个细胞的稳定建库性能。 SMART-Seq可以实现与SMART-Seq v4相当的灵敏度和再现性! 通过FACS分离的K562单细胞,使用SMART-Seq试剂盒与单细胞RNA-seq试剂盒SMART-Seq v4 Ultra...
RNA-Seq 文库制备的技巧建议 Collibri Stranded RNA Library Prep kit 的研发科学家分享了他们的建库技巧,以保留完整转录组信息。 推荐对照 建议在建库之前将Invitrogen ERCC RNA Spike-In Control Mix(Collibri 试剂盒中未...
RNA-Seq 文库制备的技巧建议 Collibri Stranded RNA Library Prep kit 的研发科学家分享了他们的建库技巧,以保留完整转录组信息。 x x Tips on rRNA depletion x x Tips on enzymatic RNA fragmentation x x Tips o...
RNA-seq 实验构建文库时,可以构建非链特异性文库和链特异性文库: 非链特异性文库:无法区分打碎的片段转录自正义链还是反义链。 链特异性文库:建库时保留了转录本的方向信息用以区分转录本来源,避免互补链干扰…