重复序列,重复序列(repeated sequence): 基因序列的多拷贝。自然状态下,重复序列并不发生失活现象,基因工程中转基因失活与多拷贝有关,它可串联排列在染色体同一位点,也可以分散在都能造成转基因失活。可能是重复序列之间通过异位配对形成染色体构型的不同染色体位置,变
RepeatMasker:带有一个屏蔽DNA序列中重复序列的程序,通过将基因组与已知重复序列的数据库进行同源搜素,将识别出的基因组中的重复序列都屏蔽为N或X。该方法过于依赖于数据库的大小,只能识别出数据库已有的已知特定类型的重复序列,不能用于所有的重复序列识别,尤其是新物种中未知的重复序列的识别。详细教程见RepeatMasker:...
重复序列占基因组非常高的比例,对重复序列的注释一般是做基因组注释的第一步。常用的基因组重复序列注释软件有RepeatMasker, RepeatModeler, EDTA。 转座子(transposable elements,TE)是可以在基因组内改变位置的一段DNA序列,通常由DNA复制造成,TE是基因组的重要组成部分。 2. RepeatMasker 2.1. RepeatMasker介绍 RepeatMa...
我们首先选取了数个具有明确生物学意义的重复区域进行杂交捕获探针设计,共获得 465 条探针。这些探针可以归类为 65 种,覆盖 7 种重复区域类型和 11 种重复区家族 (图 2.)。所有探针涉及的重复区域中有 60% 由 Alu 和 L1 占据,其次 20% 为 LTR,剩下 20% 则由 DNA、RNA、简单重复序列和低复杂重复组成。
基因组组装完成后,需要对基因组进行注释。对于高等真核生物,由于重复序列占了相当大的比例,会影响基因预测的质量,也会带来不必要的资源消耗。因此在基因预测前,首先要检测并屏蔽基因组中的重复序列。 重复序列可分为串联重复序列和散在重复序列两大类。其中串联重复序列包括有微卫星序列,小卫星序列等等。散在重复序列...
重复序列在基因组中广泛存在,包括转座子、简单重复序列和低复杂度区域等。这些重复序列对于基因组结构、功能和进化具有重要影响。RepeatModeler 通过分析输入的基因组序列数据,识别其中的重复序列,并生成一组重复序列的模型。这些模型可以用于进一步的基因组注释、研究基因组结构和演化、以及识别重要的基因组元件等应用。
所谓Dup,即重复序列Duplicate reads,这些重复序列在总测序序列中占比简称为Dup rate。由于这些重复序列不能带来额外信息,相反会影响变异检测结果准确性,因此下游生信分析中这些重复序列是需要去除的去掉,这也就意味着Dup rate越高,数据利用率越低,测序成本浪费的也就越多。因此在NGS生信分析中首要了解的就是dup rate的...
重复单元的平均长度约300b中度重复序列(moderately repetitive sequence )一般是非编码序列,有十个到几百个拷贝,如rRNA基因和tRNA基因等。这类重复序列的平均长度大约为300bp,往往构成序列家族,常以回文序列形式出现在基因组的许多位置上,有些同单一序列间隔排列。大部分中度重复序列与基因表达的调控有关,包括开启或关闭...
真核生物基因组中的重复序列及其特点 按照真核生物的DNA序列在基因组中的重复程度,大致上可以分为单一序列和重复序列两大类。 1.单一序列 单一序列(unique sequence )是复性最慢的部分,一般由单一拷贝基因或仅重复数次的基因组成,也可称为单拷贝序列(single copy sequence )。原核生物的大多数基因在单倍体中都是...