SCENIC是一种专为单细胞数据开发的GRNs算法,是一个基于共表达和motif分析,计算单细胞转录组数据基因调控网络重建以及细胞状态鉴定的方法。它的创新之处在于引入了转录因子motif序列验证统计学方法推断的基因共表达网络,从而识别高可靠性的由转录因子主导的GRNs。SCENIC分析流程 图片 1 GENIE3/GRNBoost:基于共表达情况鉴...
高丛越橘转录组高通量测序及BHLH转录因子分析SONG YangLIU HongdiZHOU QiangZHANG HongjunZHANG ZhidongLI YadongWANG HaiboLIU Fengzhi
将转录组测序得到的差异表达基因与植物转录因子数据库进行比对分析,是转录组学研究中的一项重要内容。通过比对,可以了解差异表达基因在植物转录因子数据库中的注释信息,进一步探究这些基因的功能和调控机制。这种比对分析有助于深入理解植物基因表达调控的网络,为后续的基因功能研究和分子育种提供有力支持。
植物转录因子做瞬时表达（超表达，干扰，对照），然后转录组测序。可以分析出转录因子调控的下游基因吗？...
全长转录组WRKY转录因子家族生物信息学分析WRKY转录因子家族在植物生长发育,次生代谢产物合成,生物和非生物胁迫响应等过程发挥着重要的作用.该研究采用PacBio SMRT高通量测序技术对多花黄精进行全长转录组测序,利用生物信息学手段从多花黄精全长转录组中鉴定WRKY家族成员,分析其理化性质,亚细胞定位,系统进化信息及保守基序...
bHLH transcription factors are a large family of transcription factors in plants, which play important roles in plant growth and development, secondary metabolism regulation, and hormone response. Red raspberry fruit is rich in raspberry ketone. To investigate the role of bHLH transc...