一、实验流程 RNA-seq实验流程图 1. RNA样品检测 采用分子生物学先进设备检测RNA样品的纯度、浓度和完整性,以保障使用合格的样品进行转录组测序。 2. RNA文库构建 样品检测合格后,进行文库构建,主要流程如下: (1) 用带有Oligo(dT)的磁珠富集真核生物mRNA; (2) 加入Fragmentation Buffer将mRNA进行随机打断; (3) ...
转录组测序（RNA-Seq，RNA sequencing）是通过高通量测序技术对生物体内全部转录产物（包括mRNA、非编码RNA等）进行测序的技术。转录组测序能够定量检测基因表达、发现新的转录本、分析基因结构变异和识别基因表达调控网络，是揭示基因功能和调控机制的重要手段。一、转录组测序的概念与原理 转录组是指一个细胞、组织或生...
这是一个基础的转录组分析流程,包括样品间相关性分析、PCA(主成分) 分析、火山图制作、差异表达基因的筛选、GO/KEGG 富集分析、GSEA 富集分析 、wikipathway富集分析、reactome富集分析、蛋白互作分析、免疫浸润分析等,更多功能还在持续扩展完善中。 2.相关性分析 相关性热图(correlation heatmap)通过计算每对样本间基...
标准的工作流程从实验室提取RNA开始，到mRNA富集或去除核糖体RNA，cDNA反转录以及制备由接头连接的测序文库。接下来，这个文库会被高通量测序平台测序，每一个样本通常会被测序到10000000～30000000读长。最后，实验得到的数据通过比对或拼接测序的读长到转录组，量化覆盖转录本的读长，过滤和样本间归一化，用统计模型...
图1. 靶向RNAseq实验流程图 通过对多个细胞系进行检测分析,靶向RNA-seq方法在检测融合基因上更有优势,例如EWSR1-FLI1。同时在两例肺癌患者肿瘤组织中发现,靶向RNA-seq不仅能够确认ROS1和ALK的重组现象,同时能够确定其伴侣基因以及融合连接位点 (图 2)。提高融合基因检测率,并且与之前的诊断具有高度一致性。
图9. Iso-seq分析流程 单个样本官方示例数据演示 (1)示例数据下载 代码语言:bash 复制 # Download toy S-read dataset# This is a toy dataset consisting of ~80k segmented reads (S-reads) from a Kinnex full-length RNA library$wgethttps://downloads.pacbcloud.com/public/dataset/IsoSeq_sandbox/human...
RNA测序通常分为以下几个步骤: 1.文库制备:将RNA样品转录为cDNA,进行文库建立。可以使用聚合酶链反应(PCR)扩增cDNA,以增加测序信号。 2.测序平台选择:根据实验需求和预算,选择合适的测序平台,如Illumina HiSeq、Ion Torrent或PacBio等。 3.测序深度:根据样品复杂度和研究目的,确定所需的测序深度。较低的深度适用于...
图1:空间 RNA-Seq 实验的工作流程 1)制备组织切片 根据您的样本类型(新鲜冷冻或 FFPE)选择合适的 Visium 空间基因表达实验方案。可在10x Genomics 支持中心网站上获得Visium 样本制备的演示方案8-9。 2)对组织切片进行染色和成像 使用标准技术对放置在 Visium ...
单细胞转录组测序(Single cell RNA sequencing,scRNA-seq)是在单细胞水平对转录组进行测序的一项新技术,可以研究单个细胞内的基因表达情况,同时解决用组织样本测序无法解决的细胞异质性难题,让解析单个细胞的行为、机制及其与机体的关系成为了现实。 图1.单细胞转录组的发...