关于此类箱线图在之前的文章(跟着 Cell 学作图 | 3.箱线图+散点+差异显著性检验)里已经讲过了,今天主要是多了一个批量的绘制。因为这篇文献公布了部分代码(https://github.com/DongshengChen-TY/COVID19),所以这篇推文就以这个代码为蓝本,进行一定的简化。所谓,一千个人里有一千个哈姆雷特,同样的分析往往会...
数据处理 # 导入数据并添加分组信息mRNA<-read.csv("All_mRNA_FPKM.csv",header=T,row.names=1)exp<-log2(mRNA+1)bar_mat<-t(exp)anno<-read.csv("sample_index.csv",header=T,row.names=1)anno$type2<-anno$Typeanno <- anno[rownames(bar_mat),]bar_mat<-bar_mat[rownames(anno),]bar_mat...
批量绘制箱线图+散点+差异分析。
该图为患者使用药物(左侧,7例患者,14例样本)或机械通气(右侧,4例患者,8例样本)前后α多样性的患者内差异(检验方法:双侧Wilcoxon符号秩检验)。 示例数据及作图前准备 由于作者给开源的数据设置了权限,这里就对ggpubr自带的ToothGrowth数据集进行添加一列编号信息作为示例数据。 导入数据 # 导入数据并查看数据集格式l...
跟着Nat Commun学作图 | 4.配对箱线图+差异分析 今天要学习的图来自2021年10月29号发表在的Nature Communication上的一篇文章,题目是【新冠肺炎患者呼吸道菌群组成及其与宿主相互作用的临床研究】。今天先来复现其中的一幅配对箱线图。 Snipaste_2021-11-11_00-04-49 ...
今天先来复现其中的一幅时间线图。 Snipaste_2021-11-11_00-04-49 DOI:10.1038/s41467-021-26500-8 注:和跟着Nat Commun学作图 | 1.批量箱线图+散点+差异分析不是同一篇NC,因为同为NC且以图为主故合并之。 读图 示例数据及作图前准备 导入数据...
跟着Nat Commun学作图 | 3.物种丰度堆积柱状图今天要学习的图来自2021年10月29号发表在的 Nature Communication上的一篇文章,题目是【新冠肺炎患者呼吸道菌群组成及其与宿主相互作用的临床研究】。今天先来复现其…