蛋白质组研究人员在试图优化他们的蛋白质组数据的存储和分析方式时,面临着许多障碍[12]。 在计划蛋白质组实验时,科学家不仅需要考虑试剂和实验室设备的成本,还需要考虑数据存储和分析的成本,他们还必须评估所需的生物信息学技能和计算资源水平。 蛋白质组学研究往往需要多个数据处...
直接通过MS信号进行定量的技术(label-free quantification)就很好的解决了这个问题,label-free的技术不需要昂贵的标记试剂,基本适合各种类型样本进行定量,也广泛的应用于定量蛋白质组学的研究。 基于质谱无标记定量的蛋白质组学按照定量原理基本上可以分为两大类:一类是基于离子流色谱峰(extracted ion current, XIC)的...
转录组是连接基因组和蛋白质组的中间模块,从DNA转录成mRNA,再翻译成蛋白质的过程中,涉及到一整套精细的表达调控机制,如转录调控,转录后调控,翻译调控,翻译后调控等。研究表明转录组和蛋白质组的相关系数并不高,表明在这个过程中,翻译和翻译后调控对蛋白质的表达具有非常重要的调控作用。由于转录后调控以及翻译后调控...
在蛋白质组学中,搜库通常是指通过计算机软件对质谱采集的原始谱图数据进行解析,从而获得肽段及蛋白的鉴定和定量信息的过程。 目前常用的搜库软件中,有些是由商业公司开发的,如Proteome Discoverer、Spectronaut、ProteinPilot等,功能较全面,与对应质谱仪器适配程度高,使用较简单,但往往需要高额收费。有些搜库软件则是由从...
基因是遗传的基本单位，但只有当它们被翻译成蛋白质时才会有生命。蛋白质是生物学主要功能的参与者，参与着从生化反应、信号转导到结构支持的整个过程。蛋白质组是生物体液、细胞和组织中存在的所有蛋白质的集合，它反映了生物系统的功能状态。蛋白质组学是对蛋白质组的定性定量研究，常用于比较不同细胞状态之间的差异...
内在无序的蛋白质和区域(统称为IDRs)普遍存在于所有蛋白质组中,有助于形成生物功能,并与许多疾病有关。IDR具有多种瞬时形成的结构,并打破了传统的序列-结构-功能关系1。AlphaFold的发展使得在蛋白质组的尺度上预测折叠蛋白质的三维结构成为可能2。相比之下,人...
临床标本蛋白质组学分析最广泛使用的临床标本是血清或血浆的液体活检。各自的蛋白质组具有极高的动态范围,估计超过10个数量级,造成巨大的分析挑战。 固体组织:福尔马林固定石蜡包埋块体(FFPE)、新鲜(冷冻,FF)组织、碱化的头发和指甲、脱矿的骨头、从粪便。
实验开始前，需要检查目标蛋白质的丰度、调控机制以及表达谱。对于蛋白质组数据集，还需特别关注细胞周期...
当AUC=0.9以上时十分具备biamarker潜能,AUC=0.7~0.9次之。AUC值越低,成为biomarker的潜能越小。分析时可使用显著差异前TOP N的蛋白质或者目标关注蛋白质进行分析。 图8 单个蛋白质ROC分析结果可视化 以上就是蛋白质组数据前处理和基于表达量的重要数据挖掘介绍。由于篇幅有限,基于功能的蛋白质组数据挖掘,我们下期再...