使用maftools计算TMB 生存分析 准备数据 肿瘤突变负荷(TMB, tumor mutation burden)的计算非常简单,你不用费心去找各种代码,找到了估计初学者也看不懂,换成自己的数据还会报错。 我们只要1行代码即可,即使是初学者也可以轻松搞定! 下载和整理MAF数据的教程请参考:TCGA的maf突变文件不能下载了?直接用TCGAbiolinks包搞定!
代码语言:javascript 复制 library(maftools)library(tidyverse)# 以结肠癌的突变数据为例load(file="G:/tcga/TCGA-SNP/TCGA-COAD_SNP.Rdata")maf.coad<-datadim(maf.coad)##[1]252664141maf.coad[1:4,1:4]##X1Hugo_Symbol Entrez_Gene_Id Center ##11AGRN375790BCM##21ACAP3116983BCM##31CALML6163688BCM...