在蛋白质组学研究中,通常选择来源于Uniprot的蛋白质组序列数据。Uniprot是全球信息最全面、使用频率最高、冗余度最低的蛋白数据库,可免费获取高质量的蛋白序列和功能信息,数据库由Swiss-Prot(瑞士生物信息研究所)、TrEMBL(欧洲生物信息研究所)和PIR-PSD(蛋白信息资源)三大数据库的数据整合而成。其数据主要来自于基因...
在蛋白质组学研究中,通常选择来源于Uniprot的蛋白质组序列数据。Uniprot是全球信息最全面、使用频率最高、冗余度最低的蛋白数据库,可免费获取高质量的蛋白序列和功能信息,数据库由Swiss-Prot(瑞士生物信息研究所)、TrEMBL(欧洲生物信息研究所)和PIR-PSD(蛋白信息资源)三大数据库的数据整合而成。其数据主要来自于基因...
Shotgun法分析蛋白质组一般包含四个步骤:①样本制备;②质谱检测;③数据库检索;④数据分析,步骤①、②已在往期文章中介绍过,本期文章重点讲解质谱检测得到的数据该如何进行搜库处理。 1. 搜库软件简介 在蛋白质组学中,搜库通常是指通过计算机软件对质谱采集的原始谱图数据进行解析,从而获得肽段及蛋白的鉴定和定量信息...
因此,本期重点以MaxQuant为例,介绍蛋白质组学数据库检索的过程。 2. 数据库检索概述 ①输入文件: 搜库是将质谱采集到的原始谱图数据和蛋白质组数据库进行比对解析的过程,因此大部分搜库软件都需要两类输入文件:蛋白质组数据库和谱图原始数据,MaxQuant也不例外。 与目前的大部分搜库软件相同,MaxQuant需要以Fasta格...
因此,本期重点以MaxQuant为例,介绍蛋白质组学数据库检索的过程。 2. 数据库检索概述 ①输入文件: 搜库是将质谱采集到的原始谱图数据和蛋白质组数据库进行比对解析的过程,因此大部分搜库软件都需要两类输入文件:蛋白质组数据库和谱图原始数据,MaxQuant也不例外。
蛋白质组学研究中选择合适的蛋白质数据库是关键一步,因为它直接影响到质谱数据的解析和鉴定的准确性。一些常用的蛋白质数据库及其适用情形如下: 1.UniProt (Universal Protein Resource): 这是最全面的蛋白质数据库之一,包含了大量物种的蛋白质序列信息。适用于多种物种的蛋白质组研究,特别是那些已经有较完善基因组注...
项目名称:N-糖蛋白质组学数据库检索分析 项目负责人:戴伦治 项目负责人所在单位:四川大学华西医院老年医学中心 二、外协信息 外协单位:汉诺生物科技(苏州)有限公司 外协经费:7.2万元 任务内容:50个N糖基化样品数据检索和定量分析 公示期:2024年10月16日—2024年10月18日 ...
在数据库检索过程中，输入文件是关键。搜库软件需要蛋白质组数据库和谱图原始数据两大类输入。MaxQuant要求以Fasta格式输入蛋白质组数据库，包含序列信息，之后通过模拟酶切和模拟碎裂，将数据库信息转化为理论谱图数据。对于原始谱图数据，MaxQuant利用内置的Andromeda算法，通过中心化、去同位素化、降噪等...
蛋白质组学数据库检索是蛋白质组学研究中不可或缺的一环，它涉及四个基本步骤：样本制备、质谱检测、数据库检索和数据分析。本文将重点讲解质谱检测数据的数据库检索处理。目前，蛋白质组学中常用的数据库检索软件有商业公司开发的Proteome Discoverer、Spectronaut、ProteinPilot等，以及由研究课题组开发的X!T...
一、非标定量数据搜库过程 01 下载MaxQuant软件 进入官方网站www.maxquant.org下载MaxQuant软件。软件无需安装,解压后双击MaxQuant.exe即可运行。 02 下载蛋白质序列数据库fasta文件 数据库检索(简称搜库)是将质谱采集到的原始谱图数据和蛋白质序列数据库进行比对解析的过程,因此大部分搜库软件都需要两类输入文件:蛋白...