本文以PDBBind数据库(2014版)中2002个蛋白质-配体复合物结构作为测试数据集,系统地评估了十个对接软件的性能,包括五个商业软件(LigandFit、Glide、GOLD、MOE Dock和Surflex-Dock)和五个学术软件(AutoDock、AutoDock Vina、LeDock、rDock和UCSF DOCK)。十个软件的基本情况见下表: 对接软件最关键的两个部分是采样算法...
- Amber: 这是一个常用的分子动力学模拟套件，它可以用来进行MM/PBSA和MM/GBSA计算。Amber可以计算蛋白...
5.9蛋白质-蛋白质分子对接-01-常用对接软件ZDOCK.pdf,《生物信息学》第五章:蛋白质结构预测与分析(第三部分) 蛋白质-蛋白质分子对接:常用对接软件 ZDOCK 除了实验方法和从数据库中获取,还可以通过计算机预测蛋白质的四级结构。这种预测 技术叫分子对接(molecule docki
基于MPI的蛋白质-小分子对接软件是由华南农业大学著作的软件著作,该软件著作登记号为:2010SR043179,属于分类,想要查询更多关于基于MPI的蛋白质-小分子对接软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
对接zdock蛋白质分子软件信息学 山东大学生物信息学课题组荣誉出品http://.crc.sdu.edu/bioinfo《生物信息学》第五章:蛋白质结构预测与分析(第三部分)蛋白质-蛋白质分子对接:常用对接软件ZDOCK除了实验方法和从数据库中获取,还可以通过计算机预测蛋白质的四级结构。这种预测技术叫分子对接(moleculedocking)。Docking一词...
Binding Energies是蛋白质-配体相与作用强度的更严格的描述符，因此，这些计算旨在更好地区分从对接或其他...
基于深度学习算法DiffDock的蛋白质-小分子对接系统是由山西大学著作的软件著作,该软件著作登记号为:2024SR0315764,属于分类,想要查询更多关于基于深度学习算法DiffDock的蛋白质-小分子对接系统著作的著作权信息就到天眼查官网!
对于蛋白质改造是Discovery Studio软件分子对接后把相互作用的氨基酸做丙氨酸扫描之后再饱和突变?还是直接选配体3 Å范围内氨基酸做丙氨酸扫描再饱和突变呢? 东方科软 已认证账号1 人赞同了该文章 1 nm等于10 Å。药物-受体常见相互作用力类型及基本性质见下表,照片拍自复旦大学付伟教授《计算机辅助药物设计导论》...
分子蛋白质对接相互作用计算机软件qpso 摘要 摘要 蛋白质与小分子间的相互作用与识别过程是如今研究的热点,而基于生物信息学的 分子对接技术则是研究这一问题的有效手段。分子对接就是找到配体与受体在其活性区 域相结合时能量最低的构象。 分子对接方法面临着两大基本问题需要解决:一是评价配体和受体之间结合的紧密 ...
除了可以用ZDOCK来做蛋白质-蛋白质分子对接，还有什么在线网站或者是软件可以做蛋白质和DNA、蛋白质和蛋白...