蛋白质-RNA相互作用是指蛋白质与RNA分子之间的互相作用。这种相互作用在许多重要的生物学过程中起着关键作用,如转录、翻译和RNA后转录调控等。 其中,蛋白质可以通过直接与RNA结合来调节其功能和稳定性。例如,转录因子是一种能够识别DNA序列并在合适的条件下结合DNA的蛋白质。在转录过程中,这些转录因子可调控RNA的合成...
1、染色质免疫共沉淀技术的原理是在活细胞状态下固定蛋白质-DNA复合物,并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小 片段,然后通过免疫学方法沉淀此复合体,特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,通过对目的片断的纯化与检测,从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。 2、免疫共沉淀是以抗体和抗原之间的专一性作用为基础的用于...
与传统的RNA蛋白质相互作用分析方法相比,TREX技术能够更加精确地识别出与特定RNA区域直接相互作用的蛋白质,无论这些相互作用发生在细胞的哪个部位,都能被有效捕获和鉴定。通过利用RNase H酶特异性地降解与DNA探针杂交的RNA区域,TREX技术不仅可以揭示已知的RNA-蛋白质相互作用,还能发现新的、未被发现的相互作用,为我们理...
RNA-蛋白质相互作用对于广泛的与免疫和稳态相关的细胞过程是必不可少的。RNA结合蛋白(RNA binding proteins, RBPs)是RNA -蛋白质相互作用的基本介质和调节因子,在免疫和非免疫细胞中控制各种遗传、表观遗传和代谢事件。典型RBPs具有RNA结合域(RNA-binding domains, RBDs),可以识别并结合到特定的序列元素,或目标mRNA...
其中,电荷相互作用是最为重要的一种作用形式,因为RNA的碱基(如尿嘧啶、鸟嘌呤、胸腺嘧啶等)带有负电荷,而蛋白质的一些原子群(如氨基、羧基、咪唑等)带有正电荷,在相互作用中可以互相吸引。同时,氢键也在蛋白质与RNA的相互作用中起到了重要的作用,因为RNA中的氢键配对规则比较特殊,在蛋白质与RNA相互作用的过程中,...
蛋白质- RNA相互作用正在成为调控基因表达的重要功能元素。通过紫外照射和免疫沉淀将蛋白质交联到RNA上(CLIP)为这一领域的研究提供了一个重要工具。最初,该方法的瓶颈是鉴定出的RNA结合位点相对较少。只有新一代测序技术的出现,才允许对交联蛋白- RNA片段进行全面和无偏倚的描述。在此,我们总结了蛋白质- RNA相互作...
RIP是指RNA Binding Protein Immunoprecipitation,同RNA pulldown相似,也是一种研究RNA和蛋白相互作用的方法,但与RNA pulldown的出发点不同, RIP是从蛋白出发研究蛋白RNA相互作用的技术。就是已知一个蛋白,把…
作者选用来自核糖体的蛋白质与RNA作为此工作的研究体系:高度保守的核糖体蛋白uL11与核糖体大亚基58rRNA。由于作者的目的是探究是否存在不适用带正电的或芳香性的氨基酸的RNA-蛋白质作用模式,作者构建两个突变库。第一个库中(E,early),uL11中的氨基酸只能是Gly、Ala、Asp、Glu、Val、Ser、Ile、Leu、Pro、Thr。这...
然后,作者勾画了蛋白质-RNA相互作用在未来几个研究方向中的应用,如通过构建splicing network进一步了解基因的调控机制,可以通过分析多聚腺苷酸化(APA)的位点来了解mRNA加工过程中非依赖剪接的机制,CLIP方法也可以用于研究细胞质内mRNA的代谢过程。在文章的最后,作者指出未来借助RNA二级结构工具的发展,将更有助于我们认识...