蛋白质分子间相互作用与识别是二十一世纪生命科学研究的前沿和热点。细胞内各种重要的生理过程,如基因的复制,转录,翻译以及细胞周期调控和免疫反应等都是以蛋白质分子间相互作用为纽带进行的。分子对接方法是研究分子间相互作用与识别有效的计算机模拟手段,可为蛋白质工程,药物分子设计等提供有益的理论指导。下面我们介绍下四个蛋白质
CB-Dock2服务器通过下面4个步骤实现了全自动的蛋白-配体盲对接计算(1)蛋白和配体结构数据的输入和质量检查;(2)结构数据预处理,修补缺失原子及氢原子、去除水分子及其他杂原子;(3)蛋白口袋探测、空间参数估计、基于Vina打分的分子对接、基于模板匹配与构象转移的分子对接;(4)计算结果的综合处理与可视化。CB-Dock2服...
①选择蛋白:直接通过PDB数据库检索或输入PDB编号,选取目标蛋白的三维结构。 ②对接范围选择:系统自动推荐对接口袋或可选择全蛋白对接。 选择小分子:通过PubChem数据库检索或输入CID编号,挑选合适的小分子。 一键对接:设定参数后,点击开始对接,系统将自动完成分析并输出结果。 输出与支持:结果按结合能排序,结合能越低,...
刚性对接方法包括：pydock、zdock、gramm-x、cluspro。精细对接方法有：HADock、rosettadock3。从序列得到复合物（如二聚体）的方法有：coth。类似的方法还有rosettafold与Af2complex。更多蛋白质与蛋白质对接服务器信息，请参考知乎（zhihu.com）。
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这里需要指出的是,在蛋白质与蛋白质分子之间发生的诱导契合是相互的,一个蛋白质分子构象发生变化的同时,另一个蛋白质分子构象也会发生改变。 1.3.2.3 构象选择-诱导模型 Kumar等提出了一种新的理论模型:构象选择-诱导模型(conformational selection and induction model)[11],模型的示意见图1.7。这种模型认为在溶液中...
邱智军创作的工业技术小说《蛋白质结合位点预测及辅助分子对接》,已更新章,最新章节:undefined。蛋白质结合位点的识别对深入理解蛋白质的生物学功能具有重要的意义。本书致力于从描述特征、残基定义和数据筛选三个方面进行优化,从而构建蛋白质结合位点预测的有效方法,
1.2 蛋白质结构与功能 越来越多的药物开发人员将大分子特别是蛋白质作为一种治疗用药物来选择。蛋白质药物的开发和应用,目前还存在诸多挑战,如果不能很好地了解蛋白质结构的性质和所配制的特定蛋白质的构象特征,结果可能不尽人意。这里提供一个蛋白质结构的简要概述,还将介绍蛋白质结构如何在形成过程中受到影响,以及...
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