而后,作者使用PDB(Protein Data Bank)中的蛋白质小分子复合物,对模型在复合物构象预测任务上进行训练。作者对PDB中的蛋白质小分子复合物进行了一定的筛选,去除了分辨率低(>2.5Å)、未解出原子多(>10%)、非标准残基多(>20%)以及所含小分子与设定的测试集中小分子过于相似(Tanimoto similarity > 80%)的结构,留...
文章在交叉对接任务中测试了分子相似性的影响,训练集根据其与测试集的蛋白质和配体相似度进行筛选,同时比较了构象感知预训练和WSL在此类情况下的能力(图 3)。在构象感知预训练中,使用了额外的蛋白质和有机小分子来训练两个编码器(图 1d)。在预训练中没有使用天然复合物结构。相比之下,构象感知WSL通过使用未见化...
此外,当前的打分函数通常仅包含单一的输出,主要包含以下几类:1)蛋白质-配体复合物结合亲和力,通常包括Ki, Kd或IC50的负对数;2)小分子结合姿态相对于天然构象的RMSD;3)结合自由能;4)其它数据空间的分数,比如通过预测蛋白质残基与小分子原子间的距离分布来计算距离似然势。对于一个分子对接产生的蛋白质-配体复合物,...
ps:随便找了个蛋白,里面居然有两个磷酸化的氨基酸,过不了该命令,因此突变成了对应的标准氨基酸。磷酸化氨基酸如没有现成的top可参考我另一篇共价体系搭建的文章Amber构建共价分子结合体系。 合并受体和小分子pdb以及top 合并pdb 将ligand_tleap.pdb的atom行复制粘贴到conf.pdb的末尾得到system.pdb 合并top >在";Incl...
小分子对接蛋白复合物是指小分子化合物与特定的蛋白质相互作用形成的稳定复合物。这些复合物在细胞信号传导、代谢调控、药物疗效等方面发挥着重要的作用。 小分子是指相对较小的有机化合物,其分子量通常不超过1000道尔顿。这些小分子具有丰富的化学结构多样性,能够通过与蛋白质的特定结合位点相互作用,从而影响蛋白质的...
最近在做蛋白与小分子复合物的动力学模拟,学习了Gromacs的用法,以此记录一下。这里贴出Gromacs的官方文档http://www.mdtutorials.com/gmx/complex/index.html,有兴趣的同学可以复现一遍。0. Gromacs在Windows下的安装打开http://sobereva.com/458网址,找到sobereva老师编译的版本,按需下载。这里我下载的是2020.6 CUDA加...
蛋白与共价小分子复合物是指由蛋白质与共价结合的小分子（如药物、代谢产物等）组成的复合物来自。这种...
本文将以3htb为例,探讨蛋白与小分子复合物的动力学模拟。 3htb是一种由蛋白质和小分子组成的复合物,它在细胞内发挥重要的生物学功能。通过动力学模拟,我们可以研究3htb的结构稳定性、构象变化和相互作用机制,为进一步理解其生物学功能提供重要线索。 在动力学模拟中,我们首先需要获取3htb的三维结构。通过实验手段,...
搭建过程的首要步骤是准备蛋白结构。推荐使用 Schrodinger 对复合物体系进行结构准备，并确保勾选“Fill in missing loop”选项，以自动补齐缺失的氨基酸。这样可以确保准备过程的完整性。同时，Schrodinger 提供的小分子结构通常具有正确的结构信息，但有时候默认的氢原子命名（如 HC12）可能引发后续搭建过程中...
作者希望将一种常见的小分子CA抑制剂乙酰唑胺AAZ与人纤维连接蛋白Fn结合,并进化其疏水loop从而增强其结合力和特异性。 基于酵母表面展示技术,作者首先在酵母表面融合表达了一个Fn-AAZ文库,AAZ通过马来酰亚胺与Fn BC loop上唯一的Cys共价链...