基于分子对接和局部特征的蛋白质-小分子结合位点预测 热度: 蛋白质与小分子结合位点预测方法、预测装置 热度: 相关推荐 分类号密级UDC保密期限 博士学位论文 题目蛋白质分子中RNA结合位点的分析和预测 作者姓名***指导教师李伍举研究员应晓敏副研究员 培养单位军事医学科学院基础医学研究所 专业名称生物化学与分子...
我们基于PDB结构数据,采用距离定义法来确定与RNA相互作用的氨基酸位点.即对于蛋白质与RNA复合物中的某个氨基酸,如果其包含的至少一个原子与某个RNA碱基所包含的任何一个原子之间的距离小于3.5,那么就认为该氨基酸与RNA相互作用.这样,在90735个氨基酸中,有10525个被判定为RNA结合位点,其余的80210个被判定为非结合位点...
其使用RNA与蛋白质结合位点处及上下游的序列特征以及测定的RNA结构特征来训练深度学习模型,并使用所述模型对蛋白质RNA相互作用结合位点进行预测.在所述特征的提取过程中分别使用了基于卷积神经网络构建的基序获取模块和基于循环神经网络构建的上下文语义获取模块.本发明中训练出的模型在判断准确度和计算时间以及应用平台的...
本发明公开了一种基于自注意力机制的RNA蛋白质结合位点预测方法和系统,使用RNA与蛋白质结合位点处及上下游的序列特征来训练深度学习模型,并使用所述模型对RNA蛋白质相互作用结合位点进行预测;在序列特征的编码过程中本发明引入kmer嵌入的编码方式,编码相邻核苷酸间的上下文关系,为模型提供更多有效的特征;在所述特征的提取...