对TMB-H和TMB-L中与OS相关的分子临床特征分析结果显示,在TMB-H肿瘤中,STK11、E2F3、TP53等5个基因突变患者OS较低,而NTRK3、PTPRD、RNF43等22个基因突变患者与OS较好相关。Cox多因素分析显示STK11和E2F3基因突变患者OS较低,而NTRK、PTPRD、RNF43、TENT5C、TET1和ZFHX3基因突变患者OS较好。此外,除黑色素瘤外,...
目的研究肿瘤突变负荷(TMB)与肝细胞癌患者预后的相关性,以及TMB对肝细胞癌基因差异表达和肿瘤组织内浸润性免疫细胞占比的影响。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中获取肝细胞癌患者的体细胞变异数据、基因转录表达数据和临床信息。采用R程序语言(3.6.1版本) maftools函数包分析样本的基因突变数据特征。利用VarScan2...
目的 研究肿瘤突变负荷(TMB)与肝细胞癌患者预后的相关性,以及TMB对肝细胞癌基因差异表达和肿瘤组织内浸润性免疫细胞占比的影响.方法 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中获取肝细胞癌患者的体细胞变异数据、基因转录表达数据和临床信息.采用R程序语言(3.6.1版本)maftools函数包分析样本的基因突变数据特征.利用... 查看全...
肿瘤突变负荷(Tumormutationburden,TMB)定义为每百万碱基中发现的体细胞编码错误,碱基替换和基因插入/缺失突变的总数,被认为是肿瘤细胞表面主要组织相容性复合体(Major histocompatibility complex,MHC)上免疫原性新肽生成的关键驱动因素,可以影响患者对免疫检查点抑制剂(Immune checkpoint inhibitors,ICIs)的反应.TMB是众多...
目的研究肿瘤突变负荷(TMB)与肝细胞癌患者预后的相关性,以及TMB对肝细胞癌基因差异表达和肿瘤组织内浸润性免疫细胞占比的影响。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中获取肝细胞癌患者的体细胞变异数据、基因转录表达数据和临床信息。采用R程序语言(3.6.1版本) maftools函数包分析样本的基因突变数据特征。利用VarScan2平台...
与TMB的相关性;使用Kaplan-Meier生存曲线分析高频突变基因的生存差异,利用Cox比例风险回归模型进一步分析结直肠腺癌患者临床特征、TMB、USH2A突变与预后的关系;利用GSEA软件对USH2A进行功能富集分析,探究与USH2A相关的信号通路;利用CIBERSORT法评估肿瘤样本中免疫细胞浸润的占比差异,并分析USH2A与肿瘤免疫细胞浸润的相关性。
肿瘤突变负荷(tumor mutation burden,TMB)可以影响肿瘤的免疫微环境,其与免疫细胞之间的关系因不同类型的癌症而异。目前乳腺癌中TMB与免疫相关基因的关系及预测预后的作用未有明确的结论,本研究根据癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中乳腺癌的基因突变及转录数据,探讨TMB与肿瘤免疫相关基因及肿瘤微...
越来越多的证据表明,肿瘤突变负荷(Tumor mutational burden,TMB)是预测NSCLC患者免疫治疗效果的有效生物标志物.但是,现有文献针对NSCLC患者TMB的研究往往局限于其对免疫治疗效果的预测评价.我国所采用的TMB数值大多为NGS检测计算得到的结果.但对TMB的检测存在一些局限:(1)我国TMB检测的可行性低,对TMB的检测较少;(2)...
目的:分析TMB与卵巢癌患者预后的关系,以及TMB与卵巢癌基因差异表达和肿瘤组织中浸润性免疫细胞占比的影响.方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库获取卵巢癌患者体细胞突变数据,基因转录组数据及临床信息,利用R软件对数据进行生存分析及差异分析,采用非负矩阵分解CIBERSORT算法确定免疫细胞与TMB亚型之间的相关性.结果:纳入...