相对结合自由能和绝对结合自由能 在热力学中,相对自由能(Gibbs free energy)和绝对自由能(Helmholtz free energy)是描述系统能量状态的两个重要概念。它们分别用于不同的热力学体系和条件。 相对自由能(Gibbs Free Energy): 表示系统在等温等压条件下的自由能。 记作G。 在常温常压下,相对自由能的变化可通过以下...
典型的两个例子是：计算两种不同配体之间的相对结合自由能(RBFE)或计算配体与其生物靶点的绝对结合自由能(ABFE)。然而，到目前为止，由于FEP热力循环的终端态之间存在显著的结构差异，导致精度问题的出现，因此ABFE的使用受到了更多限制。尽管如此，ABFE计算也取得了重大进展，并实现了相关应用。人们众多的努力使得FEP在...
典型的两个例子是:计算两种不同配体之间的相对结合自由能(RBFE)或计算配体与其生物靶点的绝对结合自由能(ABFE)。然而,到目前为止,由于FEP热力循环的终端态之间存在显著的结构差异,导致精度问题的出现,因此ABFE的使用受到了更多限制。尽管如此,ABFE计算也取得了重大进展,并实现了相关应用。人们众多的努力使得FEP在药物发...
该平台支持RBFE和ABFE计算的模拟任务,以及相关的相对水合自由能和绝对水合自由能。XFEP旨在支持小分子配体、肽或突变蛋白与其生物靶标结合的研究。这些功能包括用于RBFE和相对水合自由能计算的扰动对设计、用于FF参数细化的模块、用于将增强采样应用于扰动子系统的选项、用于电荷修改扰动的校正方案和LJ相互作用的分步和协...
典型的两个例子是:计算两种不同配体之间的相对结合自由能(RBFE)或计算配体与其生物靶点的绝对结合自由能(ABFE)。然而,到目前为止,由于FEP热力循环的终端态之间存在显著的结构差异,导致精度问题的出现,因此ABFE的使用受到了更多限制。尽管如此,ABFE计算也取得了重大进展,并实现了相关应用。人们众多的...