细胞亚群鉴定是进行单细胞转录组分析的最基础一步,是赋予细胞数据以生物学意义的关键过程。细胞亚群鉴定主要借助 marker 基因在各个细胞亚群的表达情况来判断细胞亚群所属细胞类型。 利用Seurat 分析之后,我们可以将细胞分成很多 cluster 类,也称为细胞亚群,我们可以找到每一亚群包含的 Marker 基因。 t-SNE 绘图 接下来...
免疫功能与每个人的健康息息相关,而淋巴细胞亚群分析是检验免疫功能的重要指标,其失调会导致多种疾病,如感染、肿瘤、自身免疫性疾病、免疫缺陷疾病、血液病等。淋巴细胞亚群(TBNK)的检测对分析发病机制,观察疗效及监测预后都有重要意义,而同时进行相对计数和绝对计数才能...
T细胞是一个不均一的细胞群体，分类方法有多种。按细胞表面分化抗原(CD)的不同，可分为CD4+和CD8+两大亚群。CD4+T细胞识别MHCⅡ类分子所提呈的外源性抗原肽，活化后主要分化为Th。CD8+T细胞识别MHCⅠ类分子所提呈的内源性抗原肽，活化后主要分化为CTL。CD4+T细胞也是不均一的细胞群，按其功能可包括二种T细胞，...
自然杀伤细胞(natural killer cell,简称 NK细胞) 是机体固有免疫系统的重要组成部分之一,它无需特异性抗原刺激即可杀伤靶细胞,具有免疫清除和免疫监视的功能。 淋巴细胞亚群相关报告单模板 1.淋巴细胞亚群绝对计数(含T、B、NK) 2.调节性T细胞检测 ...
CD56 dim NK 细胞亚群相比，CD56 bright NK 细胞亚群产生明显更多的 IFN-γ蛋白，如（b）所示。4、JAK / STAT细胞因子信号传导处于NK细胞发育和成熟的十字路口 自然杀伤（NK）细胞是先天免疫系统的细胞毒性淋巴细胞，在抗病毒和抗肿瘤反应中起着关键作用。NK细胞在骨髓中从造血干细胞（HSC）发展，通过普通淋巴样...
淋巴细胞是构成机体免疫系统的主要细胞群，参与机体细胞及体液免疫。可将其分为 T 淋巴细胞、B淋巴细胞和自然杀伤细胞（NK细胞）。T细胞亚群是细胞免疫的主要免疫应答形式，根据表型不同分为CD3细胞、CD4细胞、CD8细胞三类，在正常情况下，这三类细胞处于动态平衡状态，其中CD3细胞是全T细胞标志，CD4细胞具有辅助前细胞...
比如发表在 Nat Med. 2018 Aug; 题目是:Phenotype molding of stromal cells in the lung tumor microenvironment. 共选取5例病人的共19个样本,通过10×genomics单细胞转录组测序探索基质细胞的亚群分类、基因功能(信号通路)、关键marker基因和临床预后。共鉴定出52个基质细胞亚群,反映了肿瘤微环境复杂性。对基质细胞...
单细胞分析基本流程 step1:读取数据创建seurat对象 step2:质控——删除掉一些不合格的细胞和基因 step3:表达量的标准化和归一化(去除细胞效应和基因效应) step4:降维聚类分群 step5:单细胞亚群注释 step6:细胞亚群继续细分 单细胞亚群鉴定一般可以通过人工手动注释或者使用向singleR软件自动注释 ...