1.加载已知的配体-受体基因对数据集。 2.识别这些配对之间发生显著相互作用的点 (spot)。 3.对于每个 配体-受体 (LR)对和每对细胞类型组合、 统计该 LR 对的一个显著点的邻域,然后连接两个给定细胞类型的情况。 4.排列细胞类型信息,从中识别与p<.05的显著相互作用。 5.可视化CCI细胞-细胞相互作用分析结果。
一、预测显著的CCIs(细胞与细胞相互作用) 在完成了配体与受体分析后,我们接下来就可以使用stlearn的run_cci()函数进行细胞与细胞相互作用分析了。话不多说,马上把代码贴上来。 # 对细胞类型和LR表达点的共存进行计数 st.tl.cci.run_cci(data,'cell_type',# 数据及 data.obs or data.uns中的点细胞信息 min_...
细胞间相互作用的定义细胞间相互作用是指细胞之间通过直接物理接触或通过释放信号分子进行交流和互动的过程。这种相互作用可以影响细胞命运、细胞生长、分化、凋亡等生物学过程。 细胞间相互作用的重要性对细胞分化具有重要影响发育0103关键的病理生理过程疾病发生02调节免疫反应过程免疫细胞间相互作用的研究方法细胞直接接触进行...
近端细胞之间的细胞-细胞相互作用(CCIs)可以通过标记方法进行评估,标记方法可以是依靠酶催化探针与受体的结合,以依赖接触的方式标记 LRIs(图5 c),也可以是通过催化剂诱导高活性状态的可扩散标记,以不依赖接触的方式标记 LRIs(图5 d)。合成受体可以被设计成在每次与发送细胞产生的特定配体相互作用时,在受体细胞内诱...
我们知道,细胞间信息传递方式一个是细胞表面配受体的相互作用,另一个通过细胞产生的可溶性小分子,即细胞因子。在单细胞数据分析中下游,有时候我们想看某几种细胞类型之间的相互作用,就有人推荐我们做一个配受体分析。那什么是配受体?我们在文章Cell-Cell Interaction Database|| 单细胞配受体库你还在文章的附录里找...
6. 转录因子调控分析(SCENIC) 7. 转录因子活动分析及确定活动调节子(AUCell) 8. 14个单细胞和芯片表达数据的免疫浸润分析(CIBERSORTx) 9. 标记基因的生存分析(Kaplan–Meier) 10. 基因集富集GSEA分析(GSEA) 11. 细胞-细胞相互作用分析(NicheNet) 12. 绘制条形图(Barplot) ...
通过快速灵活的分步、确定性过程来构建多组分液滴,从而克服了低效率的问题(图1A)。除了确定性的组成,MODE液滴与其他方法形成的液滴相同,因此,可以兼容常规的操作,如孵育以允许细胞-细胞相互作用发生(图1B),进一步荧光分析、分选和测序以表征相互作用行为(图1C)。
单细胞 RNA 测序(scRNA-seq)增强了对特定组织内细胞-细胞间通讯(cell–cell crosstalk)的认识。然而,目前缺乏可定制的数据分析工具来解释与生物功能相关的基因表达的细胞间通讯。 本文作者开发了 InterCellDB,这是一个允许使用 scRNA-seq 数据集结合蛋白质注释信息(包括细胞定位和功能分类,以及蛋白质相互作用特性)进...
NicheNet(https://github.com/saeyslab/nichenetr[https://github.com/saeyslab/nichenetr])是一个计算不同细胞间相互作用的R包,通过细胞的表达数据与已知的信号和基因调控网络的相结合,预测相互作用细胞之间的配体-受体作用。通过将NicheNet应用于肿瘤和免疫细胞微环境
NicheNet ||细胞间相互作用分析 NicheNet(https://github.com/saeyslab/nichenetr)是一个计算不同细胞间相互作用的R包,通过细胞的表达数据与已知的信号和基因调控网络的相结合,预测相互作用细胞之间的配体-受体作用。通过将NicheNet应用于肿瘤和免疫细胞微环境数,可以推断出活性配体及其对相互作用细胞的基因调控作用。