在细胞的内部结构上，短须刺胞虫的细胞核位置独特，偏离了细胞的中心位置。这种偏离可能与细胞的机能调控有关。此外，它的伸缩泡十分显著，只有一个，且从中轴丝延伸出来，这可能是细胞运动和物质交换的重要器官。伪足的伸展能力也是短须刺胞虫的一个显著特征，这表明它具有很高的活动性和适应性。