4、构建进化树 在主界面点击PHYLOGENY(树状图标)➡选第二个NJ邻接法建树 *最大似然法 (Maximum Likelihood) 和邻接法 (Neighbor-Joining) 是两种常见的建树方法两种方法之间的主要区别在于,最大似然法需要计算所有可能的树形状,因此对于大型数据集来说计算量很大,并且可能会受到计算资源的限制。而邻接法则是一种启发...
构建进化树的步骤是通过MEGA软件完成的，首先从数据库下载的并导入到MEGA中的fasta序列文件进行序列比对，结果输出后保存为mas文件。接着进行模型筛选，双击打开mas文件，点击“Data”然后选择“Phylogenetic Analysis”。回到主界面，点击“MODELS”，选择“Find Best DNA/Protein Models（ML）…”来寻找构建进...
通过进化树我们可以揭示生物进化历史、推断分类学关系、预测生物学特征等,在生物学中很常用,今天小果来分享一下用MEGA构建进化树的方法。 构建进化树的过程可以分为三个主要步骤:收集序列数据、进行多序列比对、利用比对结果建立进化树。以下是基于MEGA11.0.13软件的详细步骤: ...
接着，打开MEGA，进行多序列比对。在"Open A File/Session"菜单中选择"Align"，如果是小规模序列，可以选择默认的比对方法，如ClustalW。如果序列较多，可以使用MUSCL以提高效率。比对完成后，别忘了保存结果。以上只是构建进化树的一部分，小果将在后续内容中继续分享详细的步骤和技巧。如果你对MEGA构建进...
上次小果带大家在数据库下载了fasta序列并将其导入MEGA中进行序列比对,结果输出后保存了mas文件,本期我们接上期继续: 3、筛选模型 双击保存的mas文件,点击Data➡Phylogenetic Analysi 回到主界面➡点击MODELS➡Find Best DNA/Protein Models(ML)… 这一步是为了寻找用来构建进化树最合适的模型,默认参数即可。
通过进化树我们可以揭示生物进化历史、推断分类学关系、预测生物学特征等,在生物学中很常用,今天小果来分享一下用MEGA构建进化树的方法。 构建进化树的过程可以分为三个主要步骤:收集序列数据、进行多序列比对、利用比对结果建立进化树。以下是基于MEGA11.0.13软件的详细步骤: ...
上次小果带大家在数据库下载了fasta序列并将其导入MEGA中进行序列比对,结果输出后保存了mas文件,本期我们接上期继续: 3、筛选模型 双击保存的mas文件,点击Data➡Phylogenetic Analysi 回到主界面➡点击MODELS➡Find Best DNA/Protein Models(ML)… 这一步是为了寻找用来构建进化树最合适的模型,默认参数即可。
通过进化树我们可以揭示生物进化历史、推断分类学关系、预测生物学特征等,在生物学中很常用,今天小果来分享一下用MEGA构建进化树的方法。 构建进化树的过程可以分为三个主要步骤:收集序列数据、进行多序列比对、利用比对结果建立进化树。以下是基于MEGA11.0.13软件的详细步骤: ...