这些结果表明ZmCCT在 LD 条件下具有调节玉米开花时间和胁迫响应的双重功能。 图1.ZmCCT对开花时间及胁迫响应的表型评价 2. RNA-Seq 鉴定受ZmCCT影响的基因 为了了解ZmCCT响应光周期介导的开花过程中的调控网络,在SD(短日照) 和 LD 条件下,使用从野生型(WT)和ZmCCT过表达植株(OE- ZmCCT)的V6 生长阶段的叶子中提...
protocol首先从原始RAN-seq数据入手,先经过质控fastqc,之后检测rRNA占比,去除杂的reads之后进行数据处理;使用HISAT2将读段匹配到参考基因组上,可提供注释文件;StringTie进行转录本组装,估算每个基因及isoform的表达水平;所有的转录本merge的数据再一次被呈递给StringTie,重新估算转录本的丰度,提供转录本reads数量的数据给下...
Opaque2(O2)是一种转录因子,在玉米胚乳发育过程中起着重要作用。O2基因的突变可以提高玉米种子的营养价值,但也会降低农艺质量。为了揭示O2的转录调控框架,对O2突变体进行RNA-seq,并利用ChIP-seq确定O2的DNA结合区域。 RNA-seq分析发现1605个差异表达的基因(DEGs)和383个差异表达的lncRNAs。DEGs涵盖广...
Size代表圆点的大小,表示富集到该GO条目基因的数量,q-value表示该GO条目的富集程度,颜色越趋近于红色表示富集程度越高。下同Fig. 3. Biological process enriched analysis of DEGs Size represents the size of the dot, indicating the number of genes enriched to the GO item, q-value indicates the enrichmen...
然后通过极端表型混池测序分析(BSA测序)、图位克隆、RNA-seq数据及RNAi遗传验证克隆到这个硬质QTL,Ven1。进一步研究发现,Ven1通过调节类萝卜素的含量和组分影响玉米籽粒质地:高水平的非极性胡萝卜素(主要是β-胡萝卜素)似乎可以阻止种子成熟脱水过程中淀粉体膜的破裂并影响胚乳细胞中脂质的含量和组成;这打乱了SGs和...
基于RNAseq技术的玉米CMSC花药可变剪接和新转录本的研究完成版基于RNA-seq技术的玉米CMS-C花药可变剪接和新转录本的研究学生:汪汪生生庆指导教师:曹曹墨墨菊教授学科专业:生物化学与分子生物学日期:01年年1月
基于rna-seq数据分析玉米抗虫响应基因的可变剪接事件
本研究结合植物基因组特点以及高通量RNA测序数据,通过生物信息学手段发展、优化了一套基于RNA-Seq数据的植物LncRNA筛选及鉴定方法。随后,利用玉米B73顶端分生组织RNA-Seq数据,预测了6 122条玉米LncRNA,并对其进行了全基因组物理定位。该方法为LncRNA鉴定和后续的功能分析提供了重要的基础。
利用玉米高通量RNA-Seq数据预测长链非编码RNA(LncRNA)
[目的]叶片宽度和长度等叶形特性是决定植株形态,进而影响种植密度的重要农艺性状,通过转录组测序技术筛选并挖掘玉米叶片形态建成相关的代谢路径及调控基因,为深入认识叶片发育的分子机理和鉴定叶宽,叶长候选基因奠定基础.[方法]以极端窄叶自交系NL409和宽叶自交系WB665为材料,利用RNA-Seq技术鉴定7叶期第七片叶近基部的...