在这21个基因中,11个基因在OE- ZmCCT植物中上调,而其余10个基因下调。 图4.DAP-seq鉴定ZmCCT的靶基因 5.ZmCCT直接调控与光周期依赖性开花时间相关的基因 DAP-Seq和RNA-Seq联合分析确定了10个与调控开花相关的ZmCCT潜在靶基因。为了研究ZmCCT是否可以调控这些潜在靶基因的表达,在烟草叶片中进行了双荧光素酶瞬时转录...
Table 5. Summary of the concordance rate between genotypes from RNA-seq and those from the Sequenom validation data 此外,作者通过 PCR 从基因组 DNA 扩增了10个基因,并使用ABI3730对这些PCR产物进行了测序。RNAseq 检测到的 201个SNP 与来自于基因组 PCR 检测得到变异位点一致性达到了 96.1%。 综上,说明...
protocol首先从原始RAN-seq数据入手,先经过质控fastqc,之后检测rRNA占比,去除杂的reads之后进行数据处理;使用HISAT2将读段匹配到参考基因组上,可提供注释文件;StringTie进行转录本组装,估算每个基因及isoform的表达水平;所有的转录本merge的数据再一次被呈递给StringTie,重新估算转录本的丰度,提供转录本reads数量的数据给下...
Opaque2(O2)是一种转录因子,在玉米胚乳发育过程中起着重要作用。O2基因的突变可以提高玉米种子的营养价值,但也会降低农艺质量。为了揭示O2的转录调控框架,对O2突变体进行RNA-seq,并利用ChIP-seq确定O2的DNA结合区域。 RNA-seq分析发现1605个差异表达的基因(DEGs)和383个差异表达的lncRNAs。DEGs涵盖广...
Explore Regulatory Genes Related to Maize Leaf Morphogenesis Using RNA-Seq ShuLei GUO1,2,XiaoMin LU1,JianShuang QI1,LiangMing WEI1,Xin ZHANG1,XiaoHua HAN1,RunQing YUE1,ZhenHua WANG1(),ShuangGui TIE1(),YanHui CHEN2() 图3. 差异表达基因显著富集的生物过程 Size代表圆点的大小,表示富集到该GO...
然后通过极端表型混池测序分析(BSA测序)、图位克隆、RNA-seq数据及RNAi遗传验证克隆到这个硬质QTL,Ven1。进一步研究发现,Ven1通过调节类萝卜素的含量和组分影响玉米籽粒质地:高水平的非极性胡萝卜素(主要是β-胡萝卜素)似乎可以阻止种子成熟脱水过程中淀粉体膜的破裂并影响胚乳细胞中脂质的含量和组成;这打乱了SGs和...
关于易基因RNA m6A甲基化测序(MeRIP-seq)技术 易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段(包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA),结合高通量测序,可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量,总RNA起始量可降低至10μg,最低仅需1μg总RNA。广泛应用于组织发育、干细胞自我更新和分化、热休克或DNA损伤应...
基于RNAseq技术的玉米CMSC花药可变剪接和新转录本的研究完成版基于RNA-seq技术的玉米CMS-C花药可变剪接和新转录本的研究学生:汪汪生生庆指导教师:曹曹墨墨菊教授学科专业:生物化学与分子生物学日期:01年年1月
总的来说,该工作通过细致的RNA-seq记录了玉米这一开花植物从孢子体到配子体过程中的基因表达特征,并且发掘出配子体基因组激活的关键时间点,同时这项工作也对单倍体选择在花粉选择中所发挥的作用提供了新的见解。 参考文献: 1. Tanksley SD, Zamir D, Rick CM. Evidence for Extensive Overlap of Sporophytic an...
Table 5. Summary of the concordance rate between genotypes from RNA-seq and those from the Sequenom validation data 此外,作者通过 PCR 从基因组 DNA 扩增了10个基因,并使用ABI3730对这些PCR产物进行了测序。RNAseq 检测到的 201个SNP 与来自于基因组 PCR 检测得到变异位点一致性达到了 96.1%。 综上,说明...