用到的基因表达文件tumor_expression.csv文件是直接在从UCSC Xena数据库(UCSC Xena)中下载的。tumor_expression.csv的百度云链接:链接:pan.baidu.com/s/1Fn2H3K 提取码:d81j --来自百度网盘超级会员V8的分享 setwd('D:\\DeskFile\\简历\\知乎\\2022.4.18 TCGA数据分析整理\\2022.12.7火山图') library('...
火山图(Volcano Plot)是我们做芯片,RNA-seq等分析时常用的一种图,它能够清晰地展示显著上调和下调的基因,因作出来的图形如火山喷发(从0点开始往上,往两边扩散),故名。 例如图中,X轴一般表示log2的倍数变化(Cancer vs Normal),Y轴一般表示-log10(p-value),不同颜色的点表示满足不同条件的基因,红色表示上调...
双火山图可以同时展示3组两两比较的结果,或者两种组学联合分析的结果,同时标注感兴趣基因。, 视频播放量 3953、弹幕量 0、点赞数 63、投硬币枚数 26、收藏人数 191、转发人数 17, 视频作者 微生信课堂, 作者简介 微生信,0代码在线绘制250+科研图,助力科研,发高分文章。
5. 添加显著性阈值线：在火山图的适当位置添加垂直线（阈值线），以筛选具有显著统计学意义的基因点。6...
如果想在火山图上标记基因,可以通过文本域Sets of genes to be labeled in the plot输入一堆要标记的基因 (可以是一列,也可以是多列,要有标题行)。 设置参数如下,因为提供的基因只有1列,Label column可以不设置。 获得结果 我们的差异基因分析表格中基因的ID为ENSEMBLE编号,如果想用Gene symbol或其它编号怎么操作...
微生信平台-带感兴趣基因标注的双火山图绘制教程,于2024年3月7日上线。西瓜视频为您提供高清视频,画面清晰、播放流畅,看丰富、高质量视频就上西瓜视频。
进行基因标注时,将一列GeneSymbol复制到“基因标记”输入框,即可完成标注: 局部放大火山图 登录站点: https://www4.shbiochip.com/V2023/SCTP/zmIn/ 如果关注上调/下调差异基因,我们可以将该区域局部放大。例如要将上调基因区域放大,在“参数调整设置”中修改以下参数: 生成结果如下,右边的上调基因区域被放大,图中...
双火山图可以同时展示3组两两比较的结果,或者两种组学联合分析的结果,同时标注感兴趣基因。
在火山图上标注自定义基因 找兔子的小萝卜关注IP属地: 福建 2023.02.27 12:23:23字数0阅读1,057 #Open Data rm(list = ls()) options(stringsAsFactors = F) library(readxl) data<- read_excel("G1 vs G2.xlsx") output <- data #处理矩阵 #output <- output[,-c(5:9)] #output <- output[...
R语言分析转录组数据绘制火山图后怎么标注差异基因 最近我们被客户要求撰写关于数据结构化转换的研究报告,包括一些图形和统计输出。 R语言进行数据结构化转换:Box-Cox变换、“凸规则”变换方法 线性回归时若数据不服从正态分布,会给线性回归的最小二乘估计系数的结果带来误差,所以需要对数据进行结构化转换。