首先我们需要准备如下格式的数据:第一列为feature名(这里以一组代谢物ID为例),第二列、第三列分别为p-value和log2FC值,即分别对应火山图上的横纵坐标,然后使用readxl包读取xlsx数据。 # 加载readxl包library(readxl)# 读取excel数据data <- data.frame(read_xlsx("火山图.xlsx")) # 将P-value值用-log10(...
df$group2 <- case_when( df$`-log10(pvalue)` > df$curve_y & df$log2FoldChange >= log2FC ~ 'up', df$`-log10(pvalue)` > df$curve_y & df$log2FoldChange <= -log2FC ~ 'down', TRUE~ 'none' ) #绘制新双曲线阈值火山图: df$group2 <- factor(df$group2, levels = c("u...
一、火山图简介 那么如何看懂一张火山图所包含的信息呢?首先需要知道,火山图的横坐标通常用log2(fold change)表示,差异越大的基因分布在两端,纵坐标用-log10(pvalue)表示,T检验显著性P值的负对数。由于P值越小表示越显著,所以我们进行-log10(P value)转化后,转化值越大表示差异越显著。通常差异倍数越大的基因...
这图确实比一般的火山图美观且简洁。 火山图的意义 火山图可用于展示两组样本间基因表达水平差异的分布状况。 横轴log2 fold change差异表达倍数(Fold Change值,简称FC),差异越大的基因分布X轴在两端。 纵坐标用-log10p-value表示,对P值进行-log10的转化。转化后,值越大就表示差异越显著。 数据格式 绘制 setwd...
（P-value）⽕⼭图 Differential gene expression analysis：差异表达基因分析 Differentially expressed gene (DEG)：差异表达基因 Volcano Plot：⽕⼭图 差异倍数(fold change)fold change翻译过来就是倍数变化，假设A基因表达值为1，B表达值为3，那么B的表达就是A的3倍。⼀般我们都⽤count、TPM或FPKM来...
题目 [判断题](2分)利用R可以绘制并分析基因芯片数据的火山图来显示差异基因及p-value。A.错B. 答案 解析 null 本题来源 题目:[判断题](2分)利用R可以绘制并分析基因芯片数据的火山图来显示差异基因及p-value。A.错B. 来源: 2020年秋冬智慧树知道网课《生物信息学》课后章节测试答案 收藏...
百度试题 结果1 题目火山图的纵坐标表示( ) A. log2 Fold Change B. Fold Change C. –(P-value) D. –log10(P-value) 相关知识点: 试题来源: 解析 D 反馈 收藏
基础火山图 01 导入数据 首先我们需要准备如下格式的数据:第一列为feature名(这里以一组代谢物ID为例),第二列、第三列分别为p-value和log2FC值,即分别对应火山图上的横纵坐标,然后使用readxl包读取xlsx数据。 # 加载readxl包library(readxl)# 读取excel数据data <- data.frame(read_xlsx("火山图.xlsx")) #...
基础火山图 01 导入数据 首先我们需要准备如下格式的数据:第一列为feature名(这里以一组代谢物ID为例),第二列、第三列分别为p-value和log2FC值,即分别对应火山图上的横纵坐标,然后使用readxl包读取xlsx数据。 # 加载readxl包library(readxl)# 读取excel数据data <- data.frame(read_xlsx("火山图.xlsx")) #...
1. 常规阈值火山图绘制 ##筛选阈值确定:p<0.05,|log2FC|>1 pvalue= 0.05 log2FC= 1 #根据阈值添加上下调分组标签: df$group <- case_when( df$log2FoldChange > log2FC & df$pvalue < pvalue ~"up", df$log2FoldChange < -log2FC & df$pvalue < pvalue ~"down", ...