流式细胞仪可以生成以FCS(流式细胞术标准)文件格式的数据。FCS文件由国际流式细胞协会(ISAC)的数据标准工作组建立和维护,提供了“完整描述流式细胞术数据集所需的规格”以及可在不同软件平台中分析的统一文件格式。 文件注释 FCS文件包含了许多可在分析期间使用的关键词。其中一些是标准文件所必需的,由制造商的软件...
用的比较少。 Geometric mean 几何平均数是指n个观察值连乘积的n次方根,在流式数据分析中常应用于对数正态分布中。几何平均数受极端值的影响较算术平均数(平均值)小。 代表流式实验为一些普遍蛋白表达类的结果,例如一些在细胞上全部表达的蛋白指标,当然这种情况相对少一些。 添加MFI操作方法 目标荧光通道的上一个...
使用流式SQL语言,开发人员可以快速地将流式查询合并到其应用程序中。到2018年大多数流式处理器都支持通过流式SQL语言处理数据。 让我们来了解一下SQL是如何映射到流的。流可以看作是移动中的表数据,想象一个永不结束的表随着时间的推移会一直有新数据添加进来,流就是这样的表,其中的一条记录或行称为事件但都有...
1、数据可视化 流式细胞术的数据分析软件通常使用含有一系列数据图的工作表来实现数据可视化。 相关推荐:流式数据分析标杆神器,FlowJo 10 分享! 单参数(直方图)或双参数(散点图)显示了每种标志物的表达模式(图2)。通过设门来明确数据边界并分离具有共同表型特征的细胞,从而识别和分离感兴趣的细胞群体。利用层层设...
大数据中包含两种处理方式:流处理和批处理。 流处理:即流式处理。流式处理假设数据的潜在价值是数据的新鲜度,需要尽快处理得到结果。在这种方式下,数据以流的方式到达。在数据连续到达的过程中,由于流携带了大量数据,只有小部分的流数据被保存在有限的内存中。流处理方式用于在线应用,通常工作在秒或毫秒级别。
流式数据的分析往往需要进行一些列的门控（Gating）操作，我们俗称为圈门。而这个过程一般没有一个标准化的指南（除了一些临床简单的分析实现标准化），即使是领域内专家，在一些圈门问题上都存在个体之间的差异和分歧。很多圈门依据都来源于我们前期对细胞表型特点的认知和经验。但是有一些通用普遍的圈门手段如果应用...
一种允许用户编写类似SQL的查询来处理流式数据的语言,我们称之为流式SQL语言。 有许多流式SQL语言正在兴起: WSO2流处理器和SQLStreams已经支持SQL五年多了;Apache Storm在2016年增加了对流式SQL的支持;Apache Flink在2016年增加了对流式SQL的支持;Apache Kafka在2017年增加了对SQL(称为KSQL)的支持;Apache Samza在...
从流式细胞术基础原理可知FSC、SSC可以判断细胞的相对大小,那FSC、SSC都小的位置为碎片,一般呈现在左下角。 当细胞通过检测激光器时,是有细胞进入到流出的过程的,在光信号拟合成电信号,再转变成数字信号时,体现在各个光参数的W(细胞流入到流出的时间),H(细胞和激光器正交时最大的光信号值),A(W和A的积分值)...
本篇为通过流式数据集成实现数据价值的第4篇——流数据管道。 从实时源收集数据后,会将其添加到数据流中。流包含随时间推移可用的一系列事件,每个事件包含来源端的数据以及标识源端属性的元数据。流可以是无类型的,但更常见的是,流的数据内容可以通过内部(作为元数据的一部分)或外部数据类型的定义来描述。流是无...
高维数据分析 使用常规流式细胞术分析方法对高维数据进行分析是繁琐的，会消耗大量时间，因为高维数据往往含有14个以上的参数。另外，使用常规的“门控”方法难以确定多个标记之间的关系，可能会导致目标细胞群的丢失。目前，已有多个新的分析工具可用于高维数据的分析以及可视化，比如SPADE (Spanning-tree progression ...