鸟枪法宏基因组测序可以捕获部分MGEs,但是短读长序列(Illumina平台为100-300 bp)对于水平转移基因区域的组装和识别具有一定困难(图2a)。原因有以下几点:MGEs经常包含过多的基因成分并且存在于多种基因组中;在同一个基因组中,它们可能跟其他MGEs进行重排;MGEs两侧可能存在重复序列或反向重复序列(图2b,c)。而且,跟...
本发明公开了基因转移技术领域的一种分析水平基因转移断点周围基因的方法,包括以下步骤:S1:利用文本挖掘将水平基因转移断点周围基因进行功能分类;S2:在UHGG数据库(人类肠道微生物基因组集)中获取相关基因的KO标识符;S3:对上述收集的KO标识符进行基因通路富集分析,本
水平转移基因是指在差异生物个体之间,或单个细胞内部细胞器之间所进行的遗传物质的交流.目前国际上预测水平转移基因的主要策略是寻找物种基因组中具有明显差异的序列片段.根据这一策略,可以利用具有物种特异性的序列统计特征进行HGT搜索,在这基础上设计并开发了水平转移基因搜索工具,并将其整合到基因组序列特征数据库(GSFD...
寄生植物和寄主是研究水平基因转移的理想体系.研究以肉苁蓉及其寄主梭梭为材料,探究了应用AFLP-PCR方法检测植物间水平基因转移现象的可行性,最终筛选获得100余条大小相似的序列片段.从理论和技术层面确定了AFLP-PCR方法可用于植物间水平基因转移现象的检测,为开展相关研究奠定了基础.doi:10.3969/j.issn.1002-204X....
另一种称为系统基因组策略.然而,这两种方法都有其不可克服的局限性,一方面,替代算法不能给出基因的来源;另一方面,系统基因组学策略无法解决"孤儿"基因的问题.由此,我们设计了HAPLY软件,它首先通过本地替代算法来检测基因组可能的水平转移基因,然后通过利用网络资源来实现单基因的系统发育基因组学策略,来确定其可能的...
基因水平转移与基因表达-洞察研究 系统发育与叶绿体基因-洞察分析 基于叶绿体基因组数据的芸香科属间系统发育初步分析 基因水平转移与基因表达调控-深度研究 基因检测用数据处理方法、装置和电子设备 植物基因家族的系统发育分析-深度研究 基因家族系统发育-洞察研究 水平转移基因表达调控-深度研究 基于线粒体基因对直翅目昆虫...