表观遗传分析2 染色质可及性 我们知道真核生物DNA是缠绕在8聚体组蛋白上,通过螺旋,折叠,最后封装成致密的染色体。DNA的复制核转录都需要将致密染色质结构打开,从而允许转录因子和其他调控元件结合DNA,这部分被打开的染色质,叫开放染色质区域(Open Chromatin Regin)包括启动子、增强子、绝缘子、沉默子等顺式调控元件。
基于常规转录组(bulk rna)的数据进行染色质可及性(ATAC)的常规分析流程。代码仅供参考。 01.质控 和别的组学一样,拿到原始fastq数据的第一步时进行质控处理,这里可以选择的软件是trim_galore或者trimmomatic。首先需要去相关软件的官网或者是其他教程介绍中下载相应的软件。对于trim_galore,参考代码如下: nohup trim_ga...
另一方面,本发明提出了一种基于峰聚类的单细胞染色质可及性测序数据分析系统,包括预处理模块和accesson构建模块; 其中,预处理模块包括a)比对单元,用于将单细胞染色质可及性测序数据与相应的生物样本基因组数据进行比对获得比对结果;b)寻峰单元,用于将所有单细胞的比对结果合并,然后寻峰;c)读数计算单元,计算每个峰内...
DNA的复制核转录都需要将致密染色质结构打开,从而允许转录因子和其他调控元件结合DNA,这部分被打开的染色质,叫开放染色质区域(Open Chromatin Regin)包括启动子、增强子、绝缘子、沉默子等顺式调控元件。开放染色质允许调控因子结合的特性称为染色质可及性(Chromatin accessibility),与转录调控密切相关。 染色质开放区域检...