作为一种研究蛋白质与DNA相互作用的技术，ChIP可以完整真实地反映细胞中特定蛋白与DNA的结合关系，它通过多种蛋白质组学和分子生物学方法，包括交联、细胞裂解（蛋白质-DNA提取）、核酸剪切、抗体免疫沉淀、DNA样本回收，将蛋白-DNA复合物分离出来进一步研究特定的结合蛋白或与其结合的DNA，同时结合qPCR（ChIP-qPCR）可用...
染色质免疫沉淀(ChIP)实验指南及技术总结 ChIP是一项比较流行的研究转录因子(transcriptionfactor,TF)与启动子(promoter)相互结合的实验技术.由于ChIP采用甲醛固定活细胞或者组织的方法,所以能比较真实的反映细胞内TF与Promoter的结合情况.当用甲醛处理时,相互靠近的蛋白与蛋白,蛋白与核酸(DNA或RNA)之间会产生共价键.细胞内...
对于这类转录因子,ChIP-chip往往是不合适的。 随着测序技术的发展,每一次测序运行(run)容纳的 reads数目越来越多,通过在标本准备阶段对不同的样本进行不同的接头(adaptor)标记处理,可以实现在一次运行中同时检测多个样本,如此大大提高ChIP-seq的性价比。 在测序所需样本数量方面,ChIP-chip需要多达 4~5ug的起始样本...
ChIP 实验的优势在于能够捕捉系统中特定蛋白质-DNA 相互作用,并使用定量聚合酶链反应(qPCR)对相互作用进行量化。染色质免疫沉淀实验需要多种蛋白质组学和分子生物学方法,包括交联、细胞裂解(蛋白质-DNA 提取)、核酸剪切、抗体免疫沉淀、DNA 样本回收和 PCR...
作为一种研究蛋白质与DNA相互作用的技术,ChIP可以完整真实地反映细胞中特定蛋白与DNA的结合关系,它通过多种蛋白质组学和分子生物学方法,包括交联、细胞裂解(蛋白质-DNA提取)、核酸剪切、抗体免疫沉淀、DNA样本回收,将蛋白-DNA复合物分离出来进一步研究特定的结合蛋白或与其结合的DNA,同时结合qPCR(ChIP-qPCR)可用于检测...
此时可以停止 ChIP 协议并在 -80°C 下保存 3. 细胞裂解提供进入染色质的途径 4. 染色质碎裂（超声） 此时可以停止 ChIP 协议并在 -80°C 下保存 5. 免疫沉淀 (IP)/使用特异性抗体下拉染色质片段 6. 反向交联从 DNA 片段中分离抗体靶向蛋白 7. DNA片段的纯化和净化 8. DNA 分析：PCR、qPCR、微阵列、...
在免疫沉淀复合物中的DNA分离提取后,可以通过PCR来进行鉴定。无论是EMSA实验还是ChIP分析,都可以较好地用于分析特定转录因子与相应DNA元件的结合活性,既可以用于定性分析,也可以进行相对定量分析,获得转录因子活化程度的相关信息。 现有的方法主要局限于已知蛋白质及其结合的DNA片段分析,进行DNA芯片或者二代测序鉴定。
一、ChIP实验原理 染色质免疫共沉淀(Chromatinimmunoprecipitation,ChIP)技术是目前公认的研究蛋白质与DNA 相互作用的最佳选择。 基本原理是在活细胞状态下获得自然状态下蛋白质、DNA结合复合物,通过试剂交联固定蛋白DNA复合物,破碎细胞后获得细胞核DNA片段,利用超声波方法将核DNA随机切断为一定长度范围内的染色质小片段,然后...
染色质免疫沉淀技术(chromatin immunoprecipitation assay, CHIP)是目前唯一研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法。它的基本原理是在活细胞状态下固定蛋白质-DNA复合物,并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段,然后通过免疫学方法沉淀此复合体,特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,通过对目的片断的纯化与检测,从而获得...