R语言ggplot2包画曼哈顿图的一个简单小例子 曼哈顿图是GWAS数据分析中经常会用到的一个图,R语言里有专门的包和函数直接生成曼哈顿图。但是如果有数据的话我们自己也可以用ggplot2来做。 做曼哈顿图的数据通常是以下这种格式 image.png 第一列是SNP对应的一个名字 第二列是染色体编号 第三列是SNP在染色体的位置 ...
2.默认绘图(分别绘制出SNP密度图,曼哈顿图,环形曼哈顿图和QQ图) 2.1. SNP密度图 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 >CMplot(pig60K,plot.type="d",bin.size=1e6,col=c("darkgreen","yellow","red"),file="jpg",memo="",dpi=300,file.output=TRUE,verbose=TRUE)# users can person...
main="illumilla_60K",file.output=TRUE,verbose=TRUE,width=9,height=6)## 绘图 005、绘制环状曼哈顿图 head(pig60K,3)## 使用默认测试数据绘制CMplot(pig60K,type="p",plot.type="c",chr.labels=paste("Chr",c(1:18,"X","Y"),sep=""),r=0.4,cir.axis=TRUE, outward=FALSE,cir.axis.col=...
CMplot功能强大，不仅适用于全基因组关联研究结果，还能处理SNP效应、Fst和tajima’s等指标。在绘制时，具体参数包括：1. 绘制SNP密度图。2. 绘制环状图。3. 绘制多层圈图。4. 绘制曼哈顿图。5. 绘制QQ图。通过遵循以上步骤和理解CMplot的参数功能，你将能轻松绘制出专业的环形曼哈顿图，为你的基因组...
就用R语言中CMplot包，帮你绘制高质量的曼哈顿图。请输入 1. 安装CMplot包 > install.packages('CMplot')> library('CMplot')#首先读取数据 > data(pig60K) #CMplot包中自带数据，SNP位点信息表 > head(pig60K) #显示部分数据，第一列是SNP的名称，第二列是SNP所在染色体名字，第三列是SNP的位置，...
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众多周知,R语言提供了各种各样的包,方便实现我们的目的,下面给大家介绍一个可以便捷的画曼哈顿图的包:qqman install.packages(“qqman”) #安装包 library(“qqman”) #加载包 data(package=“qqman”) # 查看qqman包中的测试数据,此包中包含gwasResults snpsOfInterest 两个测试数据 ...
杨树林曼哈顿每一次一发图都很炸裂～ 不要觉得只有小号中号才有feel 这只mini size 一出场就很惊艳 曼哈顿包型挺阔采用了牙签纹牛皮复古五金 mini尺寸的肩带设计很不错可以单肩也可以斜挎可以很酷也可以...
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