即Raw reads用bbtools或者Trimmomatic这些软件质控,再利用Trinity进行组装,预测出来的转录本的蛋白编码区(ORF)用Transdecoder进行预测,最后再利用 Trinotate对unique transcripts进行注释(Swissprot [4],Pfam [5],eggNOG [6],Gene Ontology [7],SignalP [8],and Rnammer ) ...
无参转录组组装和注释 易生信 学习方式 提前预习 仔细听讲 先运行再理解 紧跟步伐,跟不上的及时在课堂提出或寻找助教老师解决 课后复习,基础知识学习靠背和反复练 书读百变,其义自见 码敲十遍,不会也难 2 无参组装步骤无参组装步骤 3 转录
A.答案:如果所研究的物种有组装注释质量较好基因组序列,且和该基因组序列比对效率较高,那么可以采用有参转录组的分析策略,直接进行分析,例如人、大小鼠及各类模式生物等。B.所研究的物种无已知的参考基因组或组装注释好的基因序列,则需要按无参转录组分析策略进行转录本组装,构建unigene库,进行后续分析。相关...